[日本語] English
万見
- PDB-3mpc: The crystal structure of a Fn3-like protein from Clostridium ther... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mpc
タイトルThe crystal structure of a Fn3-like protein from Clostridium thermocellum
要素Fn3-like protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / fibronectin / Fn(III) / Fn3
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. ...Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbohydrate binding family 6
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Alahuhta, M.P. / Xu, Q. / Brunecky, R. / Lunin, V.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of a fibronectin type III-like module from Clostridium thermocellum.
著者: Alahuhta, M. / Xu, Q. / Brunecky, R. / Adney, W.S. / Ding, S.Y. / Himmel, M.E. / Lunin, V.V.
履歴
登録2010年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fn3-like protein
B: Fn3-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8563
ポリマ－21,7602
非ポリマー961
水3,909217
1
A: Fn3-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8801
ポリマ－10,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fn3-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9762
ポリマ－10,8801
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.428, 45.731, 107.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Fn3-like protein


分子量: 10879.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_2193 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DHG6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 0.1 M MES monohydrate, 10% v/v 1,4-dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月24日 / 詳細: Helios
放射モノクロメーター: Helios mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→53.86 Å / Num. all: 23168 / Num. obs: 23168 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.12 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 24.87
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 2.36 % / Mean I/σ(I) obs: 7.16 / Num. unique all: 1580 / Rsym value: 0.1407 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
SAINTデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.59 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19624 1150 5.1 %RANDOM
Rwork0.16582 ---
all0.16743 21257 --
obs0.16743 21257 93.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1404 0 5 217 1626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0221523
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.981.9382108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01532271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0955209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.99425.45555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38715208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.949152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5851.51011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5871.5408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.521648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9383512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5184.5460
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A420medium positional0.30.5
22A83medium positional0.250.5
11B423loose positional0.555
22B100loose positional0.915
11A420medium thermal2.392
22A83medium thermal1.772
11B423loose thermal2.3510
22B100loose thermal1.5910
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 57 -
Rwork0.224 1353 -
obs--81.41 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る