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万見
- PDB-3mp7: Lateral opening of a translocon upon entry of protein suggests th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mp7
タイトルLateral opening of a translocon upon entry of protein suggests the mechanism of insertion into membranes
要素
  • Preprotein translocase subunit secE
  • Preprotein translocase subunit secY
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Membrane Protein Complex / Preprotein Translocase / Membrane Insertion / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein transmembrane transport / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase SecE subunit / Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / Protein translocase subunit SecY / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. ...Preprotein translocase SecE subunit / Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / Protein translocase subunit SecY / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Egea, P.F. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Lateral opening of a translocon upon entry of protein suggests the mechanism of insertion into membranes.
著者: Egea, P.F. / Stroud, R.M.
履歴
登録2010年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprotein translocase subunit secY
B: Preprotein translocase subunit secE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8842
ポリマ－60,8842
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.240, 141.570, 235.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Preprotein translocase subunit secY / Protein transport protein SEC61 subunit alpha homolog


分子量: 53939.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: secY / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: Q8U019
#2: タンパク質 Preprotein translocase subunit secE / Protein transport protein Sec61 gamma subunit homolog


分子量: 6944.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: secE / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: Q8TZK2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.4 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG4000-PEG8000 15-25%, MES 100mM pH 6.2, Ca or Mg Acetate 50-200mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
2771
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.110.97966, 0.97958, 0.96863
シンクロトロンALS 8.3.121.115872
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979661
20.979581
30.968631
41.1158721
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 23475 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 90.3 Å2 / Rsym value: 0.672 / Net I/σ(I): 9.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ELVES精密化
PHENIXモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1RH5

1rh5


解像度: 2.9→49.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.842 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.793 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 1375 8.29 %RANDOM
Rwork0.277 ---
obs0.28 16582 --
原子変位パラメータBiso max: 176.69 Å2 / Biso mean: 78.672 Å2 / Biso min: 18.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.682 Å20 Å20 Å2
2---3.136 Å20 Å2
3---3.819 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.615 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 0 0 3362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0134792
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.347402
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11242
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes422
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5155
X-RAY DIFFRACTIONt_it347920
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.02
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4805
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact41754
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 34 10.62 %
Rwork0.281 286 -
all0.284 320 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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