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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mp7 | ||||||
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タイトル | Lateral opening of a translocon upon entry of protein suggests the mechanism of insertion into membranes | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / Membrane Protein Complex / Preprotein Translocase / Membrane Insertion / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP | ||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / protein secretion / protein targeting / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Egea, P.F. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lateral opening of a translocon upon entry of protein suggests the mechanism of insertion into membranes. 著者: Egea, P.F. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rh5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53939.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 6944.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.4 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG4000-PEG8000 15-25%, MES 100mM pH 6.2, Ca or Mg Acetate 50-200mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日 | |||||||||||||||
放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 23475 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 90.3 Å2 / Rsym value: 0.672 / Net I/σ(I): 9.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RH5 解像度: 2.9→49.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.842 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.793 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso max: 176.69 Å2 / Biso mean: 78.672 Å2 / Biso min: 18.05 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.615 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.1 Å / Total num. of bins used: 8
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