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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3mog
タイトル
Crystal structure of 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase from Escherichia coli K12 substr. MG1655
要素
Probable 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
キーワード
OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 80082 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 52.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 99.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
RESOLVE
モデル構築
REFMAC
5.5.0109
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
RESOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.006 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2659
2367
3 %
RANDOM
Rwork
0.21593
-
-
-
obs
0.21744
76421
99.32 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK