[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4hgz: Structure of the CcbJ Methyltransferase from Streptomyces caelestis -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hgz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of the CcbJ Methyltransferase from Streptomyces caelestis | ||||||
Components | CcbJ | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / Methyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces caelestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Bauer, J.A. / Ondrovicova, G. / Kutejova, E. / Janata, J. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2014 Title: Structure and possible mechanism of the CcbJ methyltransferase from Streptomyces caelestis. Authors: Bauer, J. / Ondrovicova, G. / Najmanova, L. / Pevala, V. / Kamenik, Z. / Kostan, J. / Janata, J. / Kutejova, E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hgz.cif.gz | 556.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4hgz.ent.gz | 464.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hgz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/4hgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/4hgz | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30051.688 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces caelestis (bacteria) / Gene: ccbJ / Plasmid: pET 28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: E9JES0 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 1.3 M Li2SO4.H2O, 10% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.97549 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2009 / Details: Pd-coated toroidal mirror (Seso, France) |
Radiation | Monochromator: 2 x channel-cut double-crystal silicon [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97549 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→54.27 Å / Num. all: 66712 / Num. obs: 66712 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 59.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.85 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 9634 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7→54.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 18.755 / SU ML: 0.178 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.256 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.183 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→54.27 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|