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- PDB-3mnm: Crystal structure of GAE domain of GGA2p from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mnm
タイトルCrystal structure of GAE domain of GGA2p from Saccharomyces cerevisiae
要素ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / IG-like / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to endosome transport / Golgi to vacuole transport / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / ubiquitin binding / trans-Golgi network / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-adaptin ear (GAE) domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Gamma-adaptin ear (GAE) domain ...Gamma-adaptin ear (GAE) domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / ENTH/VHS / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Fang, P. / Wang, J. / Li, X. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the specificity of the GAE domain of yGGA2 for its accessory proteins Ent3 and Ent5
著者: Fang, P. / Li, X. / Wang, J. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2010年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
B: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
C: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,01211
ポリマ－40,2643
非ポリマー7498
水5,801322
1
A: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7024
ポリマ－13,4211
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7024
ポリマ－13,4211
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6093
ポリマ－13,4211
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
B: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4038
ポリマ－26,8432
非ポリマー5616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
5
C: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
ヘテロ分子

C: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2196
ポリマ－26,8432
非ポリマー3764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.716, 89.716, 117.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-592-

HOH

21A-595-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2 / Golgi-localized / gamma ear-containing / ARF-binding protein 2


分子量: 13421.268 Da / 分子数: 3 / 断片: GAE domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GGA2 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P38817
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate, 1.0M Lithium sulfate monohydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 49000 / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.497

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22854 2567 5.1 %RANDOM
Rwork0.19676 ---
obs0.19834 47880 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2538 0 45 322 2905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.9873656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2625349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.14825.631103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4915439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.117159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 193 -
Rwork0.28 3460 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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