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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mnf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PAC2 family protein from Streptomyces avermitilis MA | ||||||
要素 | PAC2 family protein | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / PSI2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | Rv2714-like / PAC-like subunit / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avermitilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Hatzos, C. / Morgan, T. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of PAC2 family protein from Streptomyces avermitilis MA 著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Morgan, T. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mnf.cif.gz | 99.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mnf.ent.gz | 82.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mnf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mnf_validation.pdf.gz | 425.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mnf_full_validation.pdf.gz | 428.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mnf_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mnf_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/3mnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/3mnf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | hexamer with operators (x,y,z), (-y+1,x-y,z), (-x+y+1,-x+1,z), (-y+1,-x+1,-z+1/2), (x,x-y,-z+1/2), (-x+y+1,y,-z+1/2) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27381.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 株: MA-4680 / 遺伝子: SAV6650, SAV_6650 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q828L9 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.23 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.0M Na/K tartrate, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月8日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.97→50 Å / Num. all: 11041 / Num. obs: 10559 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 76.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 41.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 4.84 / Num. unique all: 507 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 26.757 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.5 / ESU R Free: 0.306 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 88.778 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.97→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.975→3.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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