PDB-3mmw: Crystal structure of endoglucanase Cel5A from the hyperthermophil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mmw

タイトル

Crystal structure of endoglucanase Cel5A from the hyperthermophilic Thermotoga maritima

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / TIM barrel fold

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Chen, Z. / McAndrew, R.P. / Sapra, R. / Chhabra, S.R. / Sale, K.L.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Biochemical characterization and crystal structure of endoglucanase Cel5A from the hyperthermophilic Thermotoga maritima.
著者: Pereira, J.H. / Chen, Z. / McAndrew, R.P. / Sapra, R. / Chhabra, S.R. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.

履歴

登録	2010年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mmw.cif.gz	538.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mmw.ent.gz	442.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mmw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mmw_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mmw_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	3mmw_validation.xml.gz	55.5 KB	表示
CIF形式データ	3mmw_validation.cif.gz	80.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mmw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mmuSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mmu-8 6kdd-d 3cmf-2 3mmu-1 4xvd-2 4wlm-1 1vrx-2 3mmu-5 2fvl-3 3uzy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

C: Endoglucanase

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

C: Endoglucanase

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.814, 81.407, 103.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endoglucanase / Endoglucanase Cel5A 分子量: 37438.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM_1751 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X273
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.02 M Cadmium chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 16 % of Polyethylene glycol monomethyl ether 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月4日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 110327 / Num. obs: 103734 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MMU

3mmu

解像度: 1.85→46.952 Å / SU ML: 1.88 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	5185	5 %	RANDOM
R_work	0.1886	-	-	-
obs	0.19	103734	93.98 %	-
all	-	103734	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.634 Å² / k_sol: 0.325 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.596 Å²	0 Å²	-1.863 Å²
2-	-	1.256 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.952 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10408	0	11	1021	11440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10732
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939	14520
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.932	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1844

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8495-1.8706	0.3163	116	0.2667	2710	X-RAY DIFFRACTION	79
1.8706-1.8926	0.308	148	0.2713	2853	X-RAY DIFFRACTION	82
1.8926-1.9156	0.3311	144	0.2571	2868	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9156-1.9399	0.3479	143	0.246	3019	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9399-1.9654	0.2752	169	0.239	2985	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9654-1.9923	0.2728	177	0.23	3043	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9923-2.0208	0.2335	166	0.2153	3145	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0208-2.051	0.2513	148	0.2107	3246	X-RAY DIFFRACTION	93
2.051-2.083	0.2502	157	0.2065	3224	X-RAY DIFFRACTION	93
2.083-2.1172	0.2249	162	0.2013	3215	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1172-2.1537	0.231	201	0.2007	3281	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1537-2.1928	0.2596	195	0.2009	3271	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1928-2.235	0.2323	168	0.1998	3274	X-RAY DIFFRACTION	95
2.235-2.2806	0.2207	174	0.1937	3267	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2806-2.3302	0.2488	165	0.1922	3345	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3302-2.3844	0.2452	192	0.1953	3327	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3844-2.4441	0.2369	185	0.191	3341	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4441-2.5101	0.2117	167	0.1862	3374	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5101-2.584	0.2287	197	0.1779	3394	X-RAY DIFFRACTION	97
2.584-2.6674	0.2099	186	0.1849	3413	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6674-2.7627	0.2078	177	0.1879	3395	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7627-2.8733	0.2049	205	0.1934	3438	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8733-3.0041	0.2168	190	0.1908	3437	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0041-3.1624	0.2279	179	0.1888	3458	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1624-3.3605	0.2111	191	0.1796	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3605-3.6199	0.1816	185	0.1722	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6199-3.984	0.176	170	0.1566	3549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.984-4.5601	0.1672	152	0.1562	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5601-5.7436	0.185	180	0.1635	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7436-46.9675	0.1875	196	0.1905	3586	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6638	-0.0628	0.266	0.4504	-0.2003	2.0325	-0.0091	0.0206	0.0382	-0.0478	0.0307	0.0171	0.1979	-0.1817	0.0022	0.1487	0.0112	-0.0118	0.116	-0.0031	0.1039	-13.8605	-1.3082	-50.1819
2	0.5859	0.3456	-0.0083	0.648	-0.2302	0.9224	-0.0013	0.0058	-0.1289	-0.1589	-0.1026	-0.2458	0.151	0.3302	-0.0006	0.1706	0.0942	0.0559	0.2382	0.0523	0.229	17.7006	-8.9884	-40.8584
3	0.9957	0.083	0.0444	0.672	0.1596	1.1129	0.0852	-0.0797	0.0432	0.0652	-0.0255	-0.0347	0.0798	0.1252	0.0466	0.065	-0.0123	-0.008	0.0425	0.0002	0.0794	4.0767	-0.9851	8.313
4	0.7823	-0.0222	-0.3106	0.6398	0.2935	1.0421	0.0608	0.109	-0.0507	-0.0226	-0.0928	0.0965	0.017	-0.3076	0.0019	0.0726	-0.0132	-0.0137	0.1698	-0.0133	0.1384	-28.6971	-3.8872	-0.4714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	3 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	3 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	3 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	3 - 311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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