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- PDB-3mmr: Structure of Plasmodium falciparum Arginase in complex with ABH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mmr
タイトルStructure of Plasmodium falciparum Arginase in complex with ABH
要素Arginase
キーワードHYDROLASE / malaria / ABH / LCR / parasite / L-arginine / boronic acid / metallohydrolase / binuclear / manganese
機能・相同性
機能・相同性情報


Urea cycle / Neutrophil degranulation / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID / BETA-MERCAPTOETHANOL / : / Arginase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Dowling, D.P. / Ilies, M. / Olszewski, K.L. / Portugal, S. / Mota, M.M. / Llinas, M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of arginase from Plasmodium falciparum and implications for L-arginine depletion in malarial infection .
著者: Dowling, D.P. / Ilies, M. / Olszewski, K.L. / Portugal, S. / Mota, M.M. / Llinas, M. / Christianson, D.W.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8325
ポリマ－46,4521
非ポリマー3804
水5,368298
1
A: Arginase
ヘテロ分子

A: Arginase
ヘテロ分子

A: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,49615
ポリマ－139,3563
非ポリマー1,14012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area9160 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area31370 Å2
手法PISA
2
A: Arginase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,99230
ポリマ－278,7126
非ポリマー2,28024
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area21110 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area59940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.594, 112.594, 228.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-615-

HOH

21A-616-

HOH

31A-706-

HOH

41A-707-

HOH

51A-710-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Arginase


分子量: 46452.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 22-411 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFI0320w / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlusTM(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8I384, arginase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ABH / 2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID / [(S)-5-アミノ-5-カルボキシペンチル]トリヒドロキシほう素アニオン


分子量: 191.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15BNO5
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.4 M Na/K Phosphate (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→49.354 Å / Num. all: 59546 / Num. obs: 31095 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.14→2.23 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 3052 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1PQ3

1pq3


解像度: 2.14→37.112 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 17.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1862 2978 9.9 %random
Rwork0.1555 ---
obs0.1586 30079 96.56 %-
all-59546 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.712 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1157 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.1157 Å20 Å2
3----8.2315 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→37.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 19 298 2733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.113400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.073930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.17470.20121050.16851186X-RAY DIFFRACTION88
2.1747-2.21210.21821390.16411194X-RAY DIFFRACTION91
2.2121-2.25240.21441600.16121191X-RAY DIFFRACTION92
2.2524-2.29570.19081410.15671256X-RAY DIFFRACTION94
2.2957-2.34250.22451260.16841246X-RAY DIFFRACTION95
2.3425-2.39350.1991200.1611290X-RAY DIFFRACTION95
2.3935-2.44910.22241340.16911261X-RAY DIFFRACTION95
2.4491-2.51040.18881550.15761254X-RAY DIFFRACTION95
2.5104-2.57820.1981380.15831273X-RAY DIFFRACTION97
2.5782-2.65410.19481430.15811286X-RAY DIFFRACTION97
2.6541-2.73970.19881460.16261303X-RAY DIFFRACTION97
2.7397-2.83760.18751530.16741271X-RAY DIFFRACTION98
2.8376-2.95120.20521230.16591340X-RAY DIFFRACTION98
2.9512-3.08540.22281390.18711296X-RAY DIFFRACTION98
3.0854-3.2480.24511480.17741324X-RAY DIFFRACTION99
3.248-3.45140.17871720.15911304X-RAY DIFFRACTION99
3.4514-3.71760.19881460.14141335X-RAY DIFFRACTION100
3.7176-4.09130.1431450.1361337X-RAY DIFFRACTION99
4.0913-4.68230.13861430.12051348X-RAY DIFFRACTION100
4.6823-5.89540.1581530.14311382X-RAY DIFFRACTION100
5.8954-37.11730.17871490.16081424X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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