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万見
- PDB-3mmc: Structure of the dissimilatory sulfite reductase from Archaeoglob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mmc
タイトルStructure of the dissimilatory sulfite reductase from Archaeoglobus fulgidus
要素(Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dissimilatory sulfite reductase system / dissimilatory sulfite reductase activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfite reductase activity / sulfate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulphite reductase, dissimilatory-type beta subunit / Alpha-Beta Plaits - #2500 / Alpha-Beta Plaits - #3340 / Helix Hairpins - #1420 / Sulphite reductase, dissimilatory-type alpha subunit / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain ...Sulphite reductase, dissimilatory-type beta subunit / Alpha-Beta Plaits - #2500 / Alpha-Beta Plaits - #3340 / Helix Hairpins - #1420 / Sulphite reductase, dissimilatory-type alpha subunit / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Helix Hairpins / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / SIROHEME / Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha / Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Schiffer, A. / Parey, K. / Warkentin, E. / Diederichs, K. / Huber, H. / Stetter, K.O. / Kroneck, P.M.H. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the dissimilatory sulfite reductase from the hyperthermophilic archaeon Archaeoglobus fulgidus.
著者: Schiffer, A. / Parey, K. / Warkentin, E. / Diederichs, K. / Huber, H. / Stetter, K.O. / Kroneck, P.M. / Ermler, U.
履歴
登録2010年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年5月12日ID: 3C7B
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha
B: Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta
D: Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha
E: Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,99517
ポリマ－178,4234
非ポリマー6,57213
水9,764542
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35020 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area50500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.910, 69.260, 147.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13D
23A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A1 - 174
2113D1 - 174
1214A2570 - 2576
2214D2570 - 2576
1313A176
2313D176
1413A185 - 218
2413D185 - 218
1513A220 - 222
2513D220 - 222
1613A224 - 386
2613D224 - 386
1123B4 - 180
2123E4 - 180
1223B184 - 366
2223E184 - 366
1324B2585 - 2586
2324E2585 - 2586
1133D387 - 417
2133A387 - 417

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha / Hydrogensulfite reductase subunit alpha


分子量: 47589.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 参照: UniProt: Q59109, EC: 1.8.99.3
#2: タンパク質 Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta / Hydrogensulfite reductase subunit beta


分子量: 41621.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 参照: UniProt: Q59110, EC: 1.8.99.3

-
非ポリマー , 4種, 555分子

#3: 化合物
ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 4000, 100 mM Na-citrate, 0.2 M NaCl, 5% (v/v) 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9393
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A21.733
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月2日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93931
21.7331
反射解像度: 2→30 Å / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 0.074
反射 シェル解像度: 2→2.16 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 79.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0046精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.04→20.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 10.263 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22283 5740 5 %RANDOM
Rwork0.18631 ---
all0.18815 108315 --
obs0.18815 108315 97.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.29 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→20.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12460 0 322 542 13324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02213189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.99117997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84751556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41523.763574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.865152214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1191578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.21878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02110046
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1500TIGHT POSITIONAL0.150.05
1A79MEDIUM POSITIONAL0.710.5
1A1490LOOSE POSITIONAL0.285
1A1500TIGHT THERMAL2.260.5
1A79MEDIUM THERMAL3.082
1A1490LOOSE THERMAL2.910
2B1440TIGHT POSITIONAL0.190.05
2B16MEDIUM POSITIONAL0.120.5
2B1446LOOSE POSITIONAL0.345
2B1440TIGHT THERMAL4.610.5
2B16MEDIUM THERMAL5.152
2B1446LOOSE THERMAL4.7310
3D124TIGHT POSITIONAL0.030.05
3D142LOOSE POSITIONAL0.045
3D124TIGHT THERMAL7.960.5
3D142LOOSE THERMAL6.5410
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.092 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 342 -
Rwork0.305 6616 -
obs-6616 82.06 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.535 Å / Origin y: 17.097 Å / Origin z: 40.488 Å
111213212223313233
T0.3635 Å2-0.0064 Å20.1101 Å2-0.3282 Å20.0318 Å2--0.1463 Å2
L1.18 °20.0033 °2-0.0035 °2-1.3971 °2-0.0257 °2--0.4168 °2
S-0.0116 Å °0.5714 Å °0.0719 Å °-0.6732 Å °0.0001 Å °-0.3317 Å °-0.0087 Å °0.1075 Å °0.0116 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 417
2X-RAY DIFFRACTION1D1 - 417
3X-RAY DIFFRACTION1B4 - 366
4X-RAY DIFFRACTION1E4 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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