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万見
- PDB-3mm8: Dissimilatory sulfite reductase nitrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mm8
タイトルDissimilatory sulfite reductase nitrate complex
要素(Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dissimilatory sulfite reductase system / dissimilatory sulfite reductase activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfite reductase activity / sulfate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulphite reductase, dissimilatory-type beta subunit / Alpha-Beta Plaits - #2500 / Alpha-Beta Plaits - #3340 / Helix Hairpins - #1420 / Sulphite reductase, dissimilatory-type alpha subunit / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain ...Sulphite reductase, dissimilatory-type beta subunit / Alpha-Beta Plaits - #2500 / Alpha-Beta Plaits - #3340 / Helix Hairpins - #1420 / Sulphite reductase, dissimilatory-type alpha subunit / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Helix Hairpins / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / SIROHEME / Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha / Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Parey, K. / Warkentin, E. / Kroneck, P.M.H. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Reaction cycle of the dissimilatory sulfite reductase from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Parey, K. / Warkentin, E. / Kroneck, P.M. / Ermler, U.
履歴
登録2010年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha
B: Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta
D: Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha
E: Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,96517
ポリマ－178,4234
非ポリマー6,54213
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35000 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area50270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.600, 68.900, 145.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13D
23A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 174
2112D1 - 174
1212A176
2212D176
1312A185 - 218
2312D185 - 218
1412A220 - 222
2412D220 - 222
1513A224 - 386
2513D224 - 386
1611A2570 - 2576
2611D2570 - 2576
1122B4 - 180
2122E4 - 180
1223B184 - 366
2223E184 - 366
1323B2580 - 2586
2323E2580 - 2586

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha / Hydrogensulfite reductase subunit alpha


分子量: 47589.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 参照: UniProt: Q59109, EC: 1.8.99.3
#2: タンパク質 Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta / Hydrogensulfite reductase subunit beta


分子量: 41621.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 参照: UniProt: Q59110, EC: 1.8.99.3

-
非ポリマー , 4種, 150分子

#3: 化合物
ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 4000, 100 mM Na-citrate, 0.2 M NaCl, 5% (v/v) 2-propanol, 50 mM NaNO3, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 4.19
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 1.88 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 44806 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
REFMAC5.6.0046精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC5.6.0046位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C7B

3c7b
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.28→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 18.154 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23111 3947 5 %RANDOM
Rwork0.19756 ---
all0.19923 75008 --
obs0.19923 75008 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å23.22 Å2
2---2.85 Å20 Å2
3---5.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12458 0 320 137 12915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02213187
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.99117995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23351556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1523.763574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.648152214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0361578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11579TIGHT POSITIONAL0.030.05
1829MEDIUM POSITIONAL0.030.5
1661LOOSE POSITIONAL0.035
11579TIGHT THERMAL4.240.5
1829MEDIUM THERMAL5.282
1661LOOSE THERMAL3.3910
21440TIGHT POSITIONAL0.240.05
2707MEDIUM POSITIONAL0.510.5
2818LOOSE POSITIONAL1.185
21440TIGHT THERMAL8.170.5
2707MEDIUM THERMAL5.872
2818LOOSE THERMAL11.2410
3124TIGHT POSITIONAL0.030.05
3142LOOSE POSITIONAL0.035
3124TIGHT THERMAL9.870.5
3142LOOSE THERMAL8.910
11579TIGHT POSITIONAL0.030.05
11440TIGHT POSITIONAL0.240.05
1124TIGHT POSITIONAL0.030.05
1829MEDIUM POSITIONAL0.030.5
1707MEDIUM POSITIONAL0.510.5
1661LOOSE POSITIONAL0.035
1818LOOSE POSITIONAL1.185
1142LOOSE POSITIONAL0.035
11579TIGHT THERMAL4.240.5
11440TIGHT THERMAL8.170.5
1124TIGHT THERMAL9.870.5
1829MEDIUM THERMAL5.282
1707MEDIUM THERMAL5.872
1661LOOSE THERMAL3.3910
1818LOOSE THERMAL11.2410
1142LOOSE THERMAL8.910
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.338 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 205 -
Rwork0.326 3894 -
obs-3894 100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.288 Å / Origin y: 17.127 Å / Origin z: 38.941 Å
111213212223313233
T0.315 Å2-0.0301 Å20.0927 Å2-0.2994 Å20.0079 Å2--0.1384 Å2
L1.06 °20.1384 °2-0.0533 °2-1.2691 °2-0.0566 °2--0.5808 °2
S-0.0694 Å °0.4821 Å °0.0237 Å °-0.5798 Å °0.0543 Å °-0.3182 Å °0.0026 Å °0.1676 Å °0.015 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 417
2X-RAY DIFFRACTION1B4 - 366
3X-RAY DIFFRACTION1D1 - 417
4X-RAY DIFFRACTION1E4 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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