[日本語] English
万見
- PDB-3mlh: Crystal structure of the 2009 H1N1 influenza virus hemagglutinin ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mlh
タイトルCrystal structure of the 2009 H1N1 influenza virus hemagglutinin receptor-binding domain
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / receptor-binding domain / lectin / antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者DuBois, R.M. / Aguilar-Yanez, J.M. / Mendoza-Ochoa, G.I. / Schultz-Cherry, S. / Alvarez, M.M. / White, S.W. / Russell, C.J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: The Receptor-Binding Domain of Influenza Virus Hemagglutinin Produced in Escherichia coli Folds into Its Native, Immunogenic Structure.
著者: Dubois, R.M. / Aguilar-Yanez, J.M. / Mendoza-Ochoa, G.I. / Oropeza-Almazan, Y. / Schultz-Cherry, S. / Alvarez, M.M. / White, S.W. / Russell, C.J.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3818
ポリマ－52,8292
非ポリマー5536
水3,477193
1
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7835
ポリマ－26,4141
非ポリマー3684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5993
ポリマ－26,4141
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.857, 74.065, 75.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 26414.424 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor-binding domain (UNP residues 63-286) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Mexico/4603/2009(H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pJexpress404 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 strain / 参照: UniProt: C4RSQ3
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 2000MME, Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 25593 / Num. obs: 25588 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 12.73 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 19.628 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 1.147 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 3.83 / Num. unique all: 2518 / Χ2: 1.123 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 44.07 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.72 Å
Translation2.5 Å39.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RUY

1ruy


解像度: 2.09→39.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.233 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1306 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.178 25564 --
obs0.178 25564 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 43.65 Å2 / Biso mean: 19.628 Å2 / Biso min: 5.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20.02 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3374 0 36 193 3603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0741.9474758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2915424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81223.797158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76915569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4071517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4581.52119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90823415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34131395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.34.51342
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 73 -
Rwork0.183 1487 -
all-1560 -
obs-1487 84.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52240.4320.14350.68170.18620.63120.0041-0.007-0.0189-0.00460.0043-0.04280.04330.0018-0.00830.00790.0055-0.00470.0099-0.0120.018814.2183-10.55917.8688
20.7840.04530.36560.39280.16710.5082-0.0258-0.03270.03040.03050.02180.0121-0.0111-0.00930.0040.00810.0050.00650.00960.00240.013311.787915.511926.3445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る