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- PDB-3mlf: Putative transcriptional regulator from Staphylococcus aureus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mlf
タイトルPutative transcriptional regulator from Staphylococcus aureus.
要素transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / structural genomics / Helix-turn-helix XRE-family like protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Tesar, C. / Gornicki, P. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative transcriptional regulator from Staphylococcus aureus.
著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Gornicki, P. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transcriptional regulator
B: transcriptional regulator
C: transcriptional regulator
D: transcriptional regulator
E: transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6065
ポリマ－65,6065
非ポリマー00
水2,306128
1
A: transcriptional regulator
B: transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2422
ポリマ－26,2422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
2
C: transcriptional regulator
D: transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2422
ポリマ－26,2422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
3
E: transcriptional regulator

E: transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2422
ポリマ－26,2422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+3/21
Buried area2030 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.776, 159.776, 69.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細putative biological unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質
transcriptional regulator


分子量: 13121.135 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300_TCH1516 / 遺伝子: USA300HOU_2003 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8Z4R3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.53 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M TRIS buffer, 1.4 M di-ammonium tartrate, 1 mM magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.3 Å / Num. all: 27459 / Num. obs: 27459 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 59.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 3.038 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1386 / Χ2: 1.161 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→44.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 20.812 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1376 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.21 27422 --
obs0.21 27422 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.1 Å2 / Biso mean: 24.902 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3774 0 0 128 3902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.9685252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.825479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54125.9200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.13715823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.52309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47523737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61431611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3334.51502
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 110 -
Rwork0.311 1864 -
all-1974 -
obs-1974 97.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1614-3.2109-0.29615.48642.74927.51840.16450.15960.1958-0.3673-0.1916-0.2962-0.46560.11340.0270.12210.06380.0110.17050.0280.139822.38941.782231.6565
20.88881.36941.00735.0739-0.79713.02260.1370.1523-0.1678-0.0433-0.0397-0.37130.26550.3955-0.09730.17270.0358-0.01850.09990.00140.122817.880856.912321.5078
30.1156-0.3697-0.58917.0591-0.03883.65590.04150.093-0.0189-0.0414-0.01790.3561-0.0997-0.57-0.02360.1672-0.00210.01260.09830.01630.1347.54336.024457.3224
43.9139-2.32971.10771.5021-1.33044.34480.15490.2316-0.318-0.1698-0.08590.19540.5945-0.242-0.0690.16010.0159-0.0110.1636-0.03710.10310.543250.143967.9287
50.68171.44680.53854.3083-0.56283.14880.0447-0.10440.09120.1119-0.0220.2504-0.0927-0.2547-0.02260.1094-0.0107-0.02740.0774-0.00950.11122.14019.93155.1258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-9 - 85
2X-RAY DIFFRACTION1A88 - 127
3X-RAY DIFFRACTION2B-7 - 84
4X-RAY DIFFRACTION2B88 - 112
5X-RAY DIFFRACTION3C-7 - 84
6X-RAY DIFFRACTION3C88 - 126
7X-RAY DIFFRACTION4D-7 - 85
8X-RAY DIFFRACTION4D88 - 125
9X-RAY DIFFRACTION5E0 - 85
10X-RAY DIFFRACTION5E88 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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