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- PDB-3ml1: Crystal Structure of the Periplasmic Nitrate Reductase from Cupri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ml1
タイトルCrystal Structure of the Periplasmic Nitrate Reductase from Cupriavidus necator
要素
  • Diheme cytochrome c napB
  • Periplasmic nitrate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrate reductase (cytochrome) / nitrate reductase (cytochrome) activity / molybdenum ion binding / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / cellular respiration / nitrate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...nitrate reductase (cytochrome) / nitrate reductase (cytochrome) activity / molybdenum ion binding / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / cellular respiration / nitrate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #210 / Nitrate reductase cytochrome c-type subunit NapB / Nitrate reductase cytochrome c-type subunit (NapB) / Periplasmic nitrate reductase, large subunit / Nitrate reductase NapA-like, molybdopterin-binding domain / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Rossmann fold - #740 / Molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin cofactor binding site / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 1. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 - #210 / Nitrate reductase cytochrome c-type subunit NapB / Nitrate reductase cytochrome c-type subunit (NapB) / Periplasmic nitrate reductase, large subunit / Nitrate reductase NapA-like, molybdopterin-binding domain / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Rossmann fold - #740 / Molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin cofactor binding site / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 1. / Multiheme cytochrome c family profile. / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Multiheme cytochrome superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / : / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Chem-MGD / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic nitrate reductase / Periplasmic nitrate reductase, electron transfer subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Coelho, C. / Trincao, J. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of Cupriavidus necator nitrate reductase in oxidized and partially reduced states
著者: Coelho, C. / Gonzalez, P.J. / Moura, J.J.G. / Moura, I. / Trincao, J. / Romao, M.J.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic nitrate reductase
B: Diheme cytochrome c napB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1368
ポリマ－105,9052
非ポリマー3,2316
水12,106672
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area31390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.202, 82.384, 96.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic nitrate reductase / NapA


分子量: 90512.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Catalytic subunit / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: H16 / 遺伝子: napAB / プラスミド: pCM62 / 発現宿主: Cupriavidus necator (バクテリア) / 株 (発現宿主): HF210 / 参照: UniProt: P39185, nitrate reductase
#2: タンパク質 Diheme cytochrome c napB / NapB


分子量: 15392.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: H16 / 遺伝子: napB / プラスミド: pCM62 / 発現宿主: Cupriavidus necator (バクテリア) / 株 (発現宿主): HF210 / 参照: UniProt: P39186, nitrate reductase (cytochrome)

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非ポリマー , 5種, 678分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S
#5: 化合物 ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#6: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE RESIDUE A 900 WAS ORIGINALLY DEPOSITED AS A ISOLATED SULFUR ATOM. THE HETEROGEN S IS NOW ...THE RESIDUE A 900 WAS ORIGINALLY DEPOSITED AS A ISOLATED SULFUR ATOM. THE HETEROGEN S IS NOW OBSOLETE IN THE PDB HETGROUP DICTIONARY. IN THIS ENTRY, IT IS TREATED AS A PART OF MOS A1802. OTHER SULFURS OF MOLYBDENUM ATOM ARE SUPPLIED FROM SURROUNDING MGDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 % / Mosaicity: 0.561 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日 / 詳細: Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→95.346 Å / Num. all: 170014 / Num. obs: 170014 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 92176 / Num. unique all: 24265 / Rsym value: 0.537 / % possible all: 95.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.69 Å
Translation2.5 Å39.69 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 170003
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.13-10031.10.6181067
5.75-8.1336.60.732028
4.69-5.7534.60.7482611
4.07-4.6934.60.7783089
3.64-4.07370.7573474
3.32-3.6439.30.743842
3.07-3.3243.30.7244187
2.87-3.0745.70.7174476
2.71-2.8747.60.714735
2.57-2.7149.80.7094989
2.45-2.5752.90.695284
2.35-2.4553.70.7075465
2.26-2.3553.80.7065750
2.17-2.2656.50.75911
2.1-2.1756.40.7156121
2.03-2.160.60.686341
1.97-2.0361.20.6916522
1.92-1.9762.20.6926685
1.87-1.9262.80.7166875
1.82-1.8764.40.6977070
1.77-1.8265.10.7147249
1.73-1.7766.30.7247354
1.7-1.73670.7187528
1.66-1.768.30.727732
1.63-1.6669.80.7067826
1.59-1.6369.70.7287983
1.56-1.5969.40.7178095
1.54-1.5670.40.7158287
1.5-1.5473.90.61211427

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
直接法6位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NAP

2nap


解像度: 1.6→35.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 2.847 / SU ML: 0.051 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES; WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19031 7066 5 %RANDOM
Rwork0.15707 133743 --
obs0.15875 140809 97.36 %-
all-254265 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.39 Å2 / Biso mean: 15.87 Å2 / Biso min: 5.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.01 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7208 0 190 672 8070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0227697
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2662.00510554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8865926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.52323.465355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.991151233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0111555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0215958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1371.54565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77827371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9533132
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3514.53110
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 494 -
Rwork0.254 9796 -
all-10290 -
obs--96.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.776-0.1258-0.03680.78070.06950.98910.02370.01450.0840.0257-0.0398-0.0802-0.03650.14390.01610.0414-0.00260.00110.07480.0220.068858.537-4.71627.452
20.66010.00110.04590.6127-0.09270.80310.01550.19440.1076-0.1103-0.0453-0.0669-0.08730.09040.02980.10270.02560.01660.12410.04450.064649.934-0.3086.422
30.64-0.23530.03520.56330.02690.6540.007-0.03430.0453-0.0011-0.02430.049-0.0696-0.14010.01730.04660.01570.00380.0621-0.01760.063128.747-2.40235.592
40.5837-0.1544-0.0250.52880.08330.63620.03760.0372-0.039-0.0245-0.05250.03990.0575-0.09540.01490.05070.00360.00060.0557-0.00670.037832.791-15.19825.12
51.59650.38130.12851.75070.05211.22680.14170.071-0.2365-0.0117-0.0639-0.04590.24360.1217-0.07780.16630.0311-0.00970.1061-0.04870.1243.208-31.84515.678
61.923-0.1974-0.18832.05660.65993.18840.0588-0.2146-0.09470.0737-0.0375-0.05890.05860.0176-0.02120.0642-0.0086-0.00570.06910.01970.091950.125-25.06146.029
74.7122.6301-1.29652.10490.30272.08370.023-0.041-0.46210.15670.1004-0.40110.30520.3365-0.12340.22190.1391-0.0380.1942-0.02610.211459.531-29.58224.063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 68
2X-RAY DIFFRACTION1A502 - 530
3X-RAY DIFFRACTION1A600 - 640
4X-RAY DIFFRACTION2A69 - 147
5X-RAY DIFFRACTION2A387 - 501
6X-RAY DIFFRACTION2A531 - 599
7X-RAY DIFFRACTION3A148 - 386
8X-RAY DIFFRACTION4A641 - 802
9X-RAY DIFFRACTION5B1 - 27
10X-RAY DIFFRACTION6B37 - 65
11X-RAY DIFFRACTION6B72 - 104
12X-RAY DIFFRACTION7B105 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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