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- PDB-3mk7: The structure of CBB3 cytochrome oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mk7
タイトルThe structure of CBB3 cytochrome oxidase
要素
  • (Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit ...) x 3
  • 30-mer peptide
キーワードOXIDOREDUCTASE / TM helices
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic respiration, using ferrous ions as electron donor / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen ...aerobic respiration, using ferrous ions as electron donor / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / proton transmembrane transport / oxygen binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2250 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #130 / Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / : ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2250 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #130 / Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEXACYANOFERRATE(3-) / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROGEN PEROXIDE / PHOSPHATE ION / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1 / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Buschmann, S. / Warkentin, E. / Michel, H. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: The Structure of cbb3 Cytochrome Oxidase Provides Insights into Proton Pumping
著者: Buschmann, S. / Warkentin, E. / Xie, H. / Langer, J.D. / Ermler, U. / Michel, H.
履歴
登録2010年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N
B: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O
C: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P
D: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N
E: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O
F: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P
G: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N
H: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O
I: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P
K: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N
L: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O
M: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P
U: 30-mer peptide
X: 30-mer peptide
Y: 30-mer peptide
Z: 30-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)462,02860
ポリマ－447,73616
非ポリマー14,29244
水00
1
A: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N
B: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O
C: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P
U: 30-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,50715
ポリマ－111,9344
非ポリマー3,57311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15980 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area36030 Å2
手法PISA
2
D: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N
E: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O
F: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P
X: 30-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,50715
ポリマ－111,9344
非ポリマー3,57311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16030 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area35660 Å2
手法PISA
3
G: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N
H: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O
I: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P
Y: 30-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,50715
ポリマ－111,9344
非ポリマー3,57311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15990 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area35850 Å2
手法PISA
4
K: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N
L: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O
M: Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P
Z: 30-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,50715
ポリマ－111,9344
非ポリマー3,57311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15950 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area35990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.475, 279.933, 175.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41K
12A
22D
32G
42K
13B
23E
33H
43L
14B
24E
34H
44L
15C
25F
35I
45M
16C
26F
36I
46M
17F
27I
37M

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A5 - 265
2111D5 - 265
3111G5 - 265
4111K5 - 265
1211A269 - 470
2211D269 - 470
3211G269 - 470
4211K269 - 470
1311A501 - 508
2311D501 - 508
3311G501 - 508
4311K501 - 508
1121A266 - 268
2121D266 - 268
3121G266 - 268
4121K266 - 268
1131B1 - 37
2131E1 - 37
3131H1 - 37
4131L1 - 37
1141B38 - 211
2141E38 - 211
3141H38 - 211
4141L38 - 211
1151C1 - 93
2151F1 - 93
3151I1 - 93
4151M1 - 93
1161C94 - 213
2161F94 - 213
3161I94 - 213
4161M94 - 213
1261C - M226 - 323
2261F - I226 - 323
3261I - F226 - 323
4261M - C226 - 323
1171F214 - 225
2171I214 - 225
3171M214 - 225

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit ... , 3種, 12分子 ADGKBEHLCFIM

#1: タンパク質
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit N


分子量: 52829.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 属: ATCC 14405 / 株: ZoBell / 参照: UniProt: D9IA43*PLUS
#2: タンパク質
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit O


分子量: 22842.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 属: ATCC 14405 / 株: ZoBell / 参照: UniProt: D9IA44*PLUS
#3: タンパク質
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit P


分子量: 33691.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 属: ATCC 14405 / 株: ZoBell / 参照: UniProt: D9IA45*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 UXYZ

#4: タンパク質・ペプチド
30-mer peptide


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 属: ATCC 14405 / 株: ZoBell

-
非ポリマー , 7種, 44分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#9: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#10: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#11: 化合物
ChemComp-FC6 / HEXACYANOFERRATE(3-) / FERRI(III)HEXACYANIDE


分子量: 211.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6FeN6

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR ALL CHAINS DO NOT CURRENTLY EXIST. THE AUTHORS COULD NOT ...THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR ALL CHAINS DO NOT CURRENTLY EXIST. THE AUTHORS COULD NOT IDENTIFY THE CORRESPONDING GENE OF CHAIN U, X, Y, Z.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mM Tris(HCl), 0.1M NaCl, 0.058% alpha-UDM, 0.0125% decanoylsucrose, 0.018% alpha-DDM, 0.016M K3Fe(CN)6, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→150 Å / Num. all: 109170 / Num. obs: 109170 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 9703 / Rsym value: 0.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0046精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 38.557 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. RESOLUTION RANGE ACTUALLY USED 3.0 TO 15A, COMPLETENESS 98.76, REFLECTIONS 125112, R= 0.200, RFREE= 0.233, RESOLUTION 3.0 TO 3.075, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. RESOLUTION RANGE ACTUALLY USED 3.0 TO 15A, COMPLETENESS 98.76, REFLECTIONS 125112, R= 0.200, RFREE= 0.233, RESOLUTION 3.0 TO 3.075, COMPLETENESS 99.8%, R=0.360, RFREE=0.367
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22341 5480 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19074 102875 98.52 %-
all-125112 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 117.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å20 Å20 Å2
2--2.58 Å20 Å2
3----4.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30738 0 952 0 31690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02232772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3282.01644852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64653963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17723.0841284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.222154755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.48415136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.24695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02125064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3732TIGHT POSITIONAL0.040.05
12D3732TIGHT POSITIONAL0.030.05
13G3732TIGHT POSITIONAL0.030.05
14K3732TIGHT POSITIONAL0.030.05
11A3732TIGHT THERMAL4.510.5
12D3732TIGHT THERMAL6.240.5
13G3732TIGHT THERMAL4.440.5
14K3732TIGHT THERMAL6.490.5
21A27TIGHT POSITIONAL0.030.05
22D27TIGHT POSITIONAL0.020.05
23G27TIGHT POSITIONAL0.020.05
24K27TIGHT POSITIONAL0.030.05
21A27TIGHT THERMAL3.680.5
22D27TIGHT THERMAL5.610.5
23G27TIGHT THERMAL3.730.5
24K27TIGHT THERMAL5.70.5
31B247TIGHT POSITIONAL0.030.05
32E247TIGHT POSITIONAL0.020.05
33H247TIGHT POSITIONAL0.020.05
34L247TIGHT POSITIONAL0.020.05
31B247TIGHT THERMAL8.120.5
32E247TIGHT THERMAL9.210.5
33H247TIGHT THERMAL6.160.5
34L247TIGHT THERMAL7.720.5
41B1344TIGHT POSITIONAL0.050.05
42E1344TIGHT POSITIONAL0.040.05
43H1344TIGHT POSITIONAL0.040.05
44L1344TIGHT POSITIONAL0.040.05
41B1344TIGHT THERMAL4.970.5
42E1344TIGHT THERMAL6.210.5
43H1344TIGHT THERMAL5.120.5
44L1344TIGHT THERMAL5.580.5
51C743TIGHT POSITIONAL0.030.05
52F743TIGHT POSITIONAL0.020.05
53I743TIGHT POSITIONAL0.030.05
54M743TIGHT POSITIONAL0.030.05
51C743TIGHT THERMAL80.5
52F743TIGHT THERMAL9.150.5
53I743TIGHT THERMAL8.470.5
54M743TIGHT THERMAL10.880.5
61C1589TIGHT POSITIONAL0.050.05
62F1589TIGHT POSITIONAL0.040.05
63I1589TIGHT POSITIONAL0.050.05
64M1589TIGHT POSITIONAL0.050.05
61C1589TIGHT THERMAL5.630.5
62F1589TIGHT THERMAL9.020.5
63I1589TIGHT THERMAL4.770.5
64M1589TIGHT THERMAL6.020.5
71F79TIGHT POSITIONAL0.050.05
72I79TIGHT POSITIONAL0.040.05
73M79TIGHT POSITIONAL0.050.05
71F79TIGHT THERMAL8.760.5
72I79TIGHT THERMAL5.430.5
73M79TIGHT THERMAL9.320.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.279 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 396 -
Rwork0.282 7379 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27710.02940.86890.95580.43893.7343-0.1358-0.2721-0.0330.36770.045-0.05120.10570.38570.09080.28740.14220.04850.23190.05030.229899.187111.634168.352
23.08972.9509-1.96069.4587-4.70244.621-0.5312-0.0011-1.22-0.27660.2451-0.30081.1096-0.3120.28620.77090.10310.17260.50750.05551.1249103.40351.251135.924
31.0650.0243-1.05031.0094-0.72325.1130.03020.5685-0.0597-0.3392-0.09730.1506-0.1707-0.46280.06710.49430.1426-0.05670.452-0.11750.278994.465104.59484.834
42.34750.8610.65822.91131.74132.8385-0.06450.1912-0.3534-0.0507-0.82041.44450.3892-1.36740.88490.3144-0.1066-0.00190.8405-0.56461.272739.265109.77128.156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 470
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 508
3X-RAY DIFFRACTION1U701 - 730
4X-RAY DIFFRACTION1B6 - 211
5X-RAY DIFFRACTION1C1 - 323
6X-RAY DIFFRACTION2D6 - 470
7X-RAY DIFFRACTION2D501 - 508
8X-RAY DIFFRACTION2X701 - 730
9X-RAY DIFFRACTION2E6 - 211
10X-RAY DIFFRACTION2F1 - 323
11X-RAY DIFFRACTION3G6 - 470
12X-RAY DIFFRACTION3G501 - 508
13X-RAY DIFFRACTION3Y701 - 730
14X-RAY DIFFRACTION3H6 - 211
15X-RAY DIFFRACTION3I1 - 323
16X-RAY DIFFRACTION4K6 - 470
17X-RAY DIFFRACTION4K501 - 508
18X-RAY DIFFRACTION4Z701 - 730
19X-RAY DIFFRACTION4L6 - 211
20X-RAY DIFFRACTION4M1 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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