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- PDB-3mk4: X-Ray structure of human PEX3 in complex with a PEX19 derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mk4
タイトルX-Ray structure of human PEX3 in complex with a PEX19 derived peptide
要素
  • Peroxisomal biogenesis factor 19
  • Peroxisomal biogenesis factor 3
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Membrane / Peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / protein-lipid complex / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / Class I peroxisomal membrane protein import / protein carrier chaperone ...peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / protein-lipid complex / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / Class I peroxisomal membrane protein import / protein carrier chaperone / peroxisome organization / peroxisome fission / ABC transporters in lipid homeostasis / peroxisomal membrane / chaperone-mediated protein folding / brush border membrane / peroxisome / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / protein stabilization / lipid binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxin-3 / Peroxin-3 / Pex19 protein / Pex19, C-terminal domain superfamily / Pex19 protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal biogenesis factor 19 / Peroxisomal biogenesis factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Schmidt, F. / Treiber, N. / Dodt, G. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Insights into peroxisome function from the structure of PEX3 in complex with a soluble fragment of PEX19
著者: Schmidt, F. / Treiber, N. / Zocher, G. / Bjelic, S. / Steinmetz, M.O. / Kalbacher, H. / Stehle, T. / Dodt, G.
履歴
登録2010年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月16日Group: Derived calculations
改定 1.32014年2月19日Group: Database references
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal biogenesis factor 3
B: Peroxisomal biogenesis factor 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8242
ポリマ－39,8242
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.470, 65.670, 61.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal biogenesis factor 3 / Peroxin-3 / Peroxisomal assembly protein PEX3


分子量: 37513.883 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytosolic domain, UNP residues 41-373 / 変異: C235S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEX3 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P56589
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisomal biogenesis factor 19 / Peroxin-19 / Peroxisomal farnesylated protein / 33 kDa housekeeping protein


分子量: 2310.491 Da / 分子数: 1 / 断片: PEX19Pep, UNP residues 14-33 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized peptide / 参照: UniProt: P40855
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 24% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M NaCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→25 Å / Num. obs: 11779 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unrefined model of PEX3

解像度: 2.42→24.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 19.09 / SU ML: 0.197 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.623 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23368 589 5 %RANDOM
Rwork0.19431 ---
obs0.19634 11190 100 %-
all-12726 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.87 Å20 Å21.77 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→24.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2363 0 0 67 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0811.983254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85333909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0915298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.67724.766107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87215436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5131515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.34441509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4794600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22242438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9946894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2366815
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.482 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 41 -
Rwork0.289 793 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2488-0.8996-0.51372.41991.27952.0388-0.0747-0.0420.0150.13270.0769-0.03990.23390.1345-0.00210.1588-0.0225-0.01610.16620.0210.149920.9591.89150.274
21.3879-0.3643-1.31431.46061.43443.56470.01990.0296-0.0114-0.21360.03280.0225-0.1482-0.0531-0.05260.0977-0.0228-0.04330.04990.01840.073217.841-0.57141.533
36.1486-3.15242.707631.48821.140543.66080.15120.1395-0.0016-0.66610.4718-1.02530.88382.7356-0.6230.09230.06440.05090.3261-0.06940.073137.668-11.19518.947
40.6645-0.0413-0.3490.99870.62471.635-0.041-0.0263-0.0024-0.05850.0588-0.01460.10530.0081-0.01770.1865-0.033-0.02780.10120.00730.153218.880.93644.439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2A159 - 368
3X-RAY DIFFRACTION3B15 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4A1 - 39
5X-RAY DIFFRACTION4A374 - 399
6X-RAY DIFFRACTION4B34 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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