PDB-3mk3: Crystal structure of Lumazine synthase from Salmonella typhimurium LT2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mk3

タイトル

Crystal structure of Lumazine synthase from Salmonella typhimurium LT2

要素

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Icosahedral / Flavodoxin like fold / DMRL synthase / Riboflavin biosynthesis / Drug target

機能・相同性

機能・相同性情報

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.569 Å

データ登録者

Kumar, P. / Singh, M. / Karthikeyan, S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Crystal structure analysis of icosahedral lumazine synthase from Salmonella typhimurium, an antibacterial drug target.
著者: Kumar, P. / Singh, M. / Karthikeyan, S.

履歴

登録	2010年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年1月23日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mk3.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mk3.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/3mk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/3mk3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rvvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nqv-1 1hqk-1 1nqw-1 1nqx-1 4v7g-3 3nq4-1 1zis-4 5mpp-d 1nqu-1 4v7g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

K: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

L: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

M: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

N: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

O: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

P: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

R: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

S: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

T: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

U: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

V: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

W: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

X: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Y: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Z: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

2: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

3: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

4: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

5: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

6: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

7: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

8: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

9: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

a: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

b: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

c: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

d: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

e: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

f: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

g: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

h: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

i: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

j: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

k: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

l: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

m: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

n: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

o: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

p: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

r: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

s: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

t: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

u: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

v: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

w: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

x: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

y: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

ヘテロ分子

969 kDa, 60 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.234, 151.503, 235.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

#1: タンパク質	... 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / Lumazine synthase / Riboflavin synthase beta chain 分子量: 16022.227 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: ribH, STM0417 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: P66038, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#1: タンパク質

...
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / Lumazine synthase / Riboflavin synthase beta chain

分子量: 16022.227 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ribH, STM0417 / プラスミド: pET28c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: P66038, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

#2: 化合物

...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 100mM Tris buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月22日 / 詳細: Osmic VariMax
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.569→50 Å / Num. all: 105485 / Num. obs: 105485 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.41
反射シェル	解像度: 3.58→3.64 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 5054 / R_sym value: 0.557 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RVV

1rvv

解像度: 3.569→32.029 Å / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2639	1049	1 %	Random
R_work	0.2257	-	-	-
obs	0.2261	105248	82.51 %	-
all	-	106297	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.416 Å² / k_sol: 0.304 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	28.4071 Å²	-0 Å²	-7.8697 Å²
2-	-	-18.2238 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.1833 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.569→32.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	66149	0	395	0	66544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	67253
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	91706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.3	23078
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	11341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	11875

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	3	C	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	4	D	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	5	E	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	6	F	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	7	G	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	8	H	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	9	I	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	10	J	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	11	K	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	12	L	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	13	M	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	14	N	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	15	O	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	16	P	1099	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	17	Q	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	18	R	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	19	S	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	20	T	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	21	U	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	22	V	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	23	W	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	24	X	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	25	Y	1099	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	26	Z	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	27	1	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	28	2	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	29	3	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	30	4	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	31	5	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	32	6	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	33	7	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	34	8	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	35	9	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	36	A	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	37	B	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	38	C	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	39	D	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	40	E	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	41	F	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	42	G	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	43	H	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	44	I	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	45	J	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	46	K	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	47	L	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	48	M	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	49	N	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	50	O	1099	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	51	P	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	52	Q	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	53	R	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	54	S	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	55	T	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	56	U	1099	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	57	V	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	58	W	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	59	X	1099	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	60	Y	1102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.5693-3.7572	0.2779	145	0.2485	13864	77
3.7572-3.9922	0.3195	141	0.2394	15048	84
3.9922-4.2997	0.2929	166	0.2278	15406	86
4.2997-4.7312	0.2218	178	0.2038	15561	87
4.7312-5.4129	0.2452	136	0.1937	15574	86
5.4129-6.8089	0.2417	161	0.2158	15301	85
6.8089-32.0299	0.2162	122	0.1998	13445	73

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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