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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mjw | ||||||
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タイトル | PI3 Kinase gamma with a benzofuranone inhibitor | ||||||
要素 | Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / T cell activation / ephrin receptor binding / positive regulation of endothelial cell migration / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / kinase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / phosphorylation / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å | ||||||
データ登録者 | Bard, J. / Svenson, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010 タイトル: 5-Ureidobenzofuranone indoles as potent and efficacious inhibitors of PI3 kinase-alpha and mTOR for the treatment of breast cancer. 著者: Zhang, N. / Ayral-Kaloustian, S. / Anderson, J.T. / Nguyen, T. / Das, S. / Venkatesan, A.M. / Brooijmans, N. / Lucas, J. / Yu, K. / Hollander, I. / Mallon, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mjw.cif.gz | 179 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mjw.ent.gz | 136.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mjw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mjw_validation.pdf.gz | 756.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mjw_full_validation.pdf.gz | 774.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mjw_validation.xml.gz | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mjw_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mjw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1e8yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 110756.164 Da / 分子数: 1 / 断片: PI3 Kinase Gamma (UNP residues 144 to 1102) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sf9 参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-WYF / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 19% PEG 4000, 0.25 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS PH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.87→50 Å / Num. obs: 22212 / % possible obs: 91.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.87→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / % possible all: 46.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1E8Y 解像度: 2.87→36.227 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.87→36.227 Å
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