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万見
- PDB-3mja: Cricket Paralysis Virus IGR IRES Domain 3 RNA bound to selenate, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mja
タイトルCricket Paralysis Virus IGR IRES Domain 3 RNA bound to selenate, structure #2
要素
  • Domain 3 of the cricket paralysis virus intergenic region IRES RNA
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*CP*CP*U)-3')
キーワードRNA / RNA psuedoknot / anions / selenate
機能・相同性SELENATE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kieft, J.S. / Golden, B.L. / Costantino, D.A. / Chase, E.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Identification and characterization of anion binding sites in RNA.
著者: Kieft, J.S. / Chase, E. / Costantino, D.A. / Golden, B.L.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Domain 3 of the cricket paralysis virus intergenic region IRES RNA
C: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*CP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3156
ポリマ－13,7432
非ポリマー5724
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.250, 59.250, 99.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: RNA鎖 Domain 3 of the cricket paralysis virus intergenic region IRES RNA


分子量: 9326.556 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain 3 RNA / 変異: U6178A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*CP*CP*U)-3')


分子量: 4416.675 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain 3 RNA / 変異: A6199G / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-SE4 / SELENATE ION / セレン酸ジアニオン


分子量: 142.958 Da / 分子数: 4 / 断片: Domain 3 RNA / 変異: U6198U / 由来タイプ: 合成 / 式: O4Se

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.8 M lithium selenate, 42.5 mM magnesium chloride, 0.5 mM spermidine, 10 mM HEPES-KOH, 50 mM HEPES-NaOH; moved to 2.4 M lithium selenate, 42.5 mM magnesium chloride, 0.5 mM spermidine, 10 mM ...詳細: 1.8 M lithium selenate, 42.5 mM magnesium chloride, 0.5 mM spermidine, 10 mM HEPES-KOH, 50 mM HEPES-NaOH; moved to 2.4 M lithium selenate, 42.5 mM magnesium chloride, 0.5 mM spermidine, 10 mM HEPES-KOH, 50 mM HEPES-NaOH (all otherfor cryoprotections, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9786 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42 Å / Num. obs: 8365 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3B31

3b31


解像度: 2.8→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 818 9.8 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs-6953 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 35 Å2
原子変位パラメータBiso max: 100.92 Å2 / Biso mean: 47.745 Å2 / Biso min: 27.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.24 Å20 Å20 Å2
2--2.302 Å20 Å2
3---3.937 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 917 20 0 937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.381
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5122
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:irhex.paramCNS_TOPPAR:irhex.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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