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- PDB-3miw: Crystal Structure of Rotavirus NSP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3miw
タイトルCrystal Structure of Rotavirus NSP4
要素Non-structural glycoprotein 4
キーワードVIRAL PROTEIN / ROTAVIRUS ENTEROTOXIN / NON STRUCTURAL PROTEIN / NSP4 / PENTAMERIC COILED COIL / VIRULENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


host caveola / host cell rough endoplasmic reticulum membrane / viral process / toxin activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated activation of host autophagy / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus non-structural protein 4 / Rotavirus non structural protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural glycoprotein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Human rotavirus G4 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chacko, A.R. / Read, R.J. / Dodson, E.J. / Rao, D.C. / Suguna, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: A new pentameric structure of rotavirus NSP4 revealed by molecular replacement.
著者: Chacko, A.R. / Jeyakanthan, J. / Ueno, G. / Sekar, K. / Rao, C.D. / Dodson, E.J. / Suguna, K. / Read, R.J.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32012年7月25日Group: Other
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Non-structural glycoprotein 4
C: Non-structural glycoprotein 4
E: Non-structural glycoprotein 4
G: Non-structural glycoprotein 4
I: Non-structural glycoprotein 4
A: Non-structural glycoprotein 4
D: Non-structural glycoprotein 4
F: Non-structural glycoprotein 4
H: Non-structural glycoprotein 4
J: Non-structural glycoprotein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,73337
ポリマ－65,05710
非ポリマー1,67627
水2,918162
1
B: Non-structural glycoprotein 4
C: Non-structural glycoprotein 4
E: Non-structural glycoprotein 4
G: Non-structural glycoprotein 4
I: Non-structural glycoprotein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,39819
ポリマ－32,5295
非ポリマー86914
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11910 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
2
A: Non-structural glycoprotein 4
D: Non-structural glycoprotein 4
F: Non-structural glycoprotein 4
H: Non-structural glycoprotein 4
J: Non-structural glycoprotein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,33618
ポリマ－32,5295
非ポリマー80713
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10950 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.463, 63.463, 123.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-286-

HOH

21G-237-

HOH

31A-83-

HOH

41J-264-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Non-structural glycoprotein 4 / NSP4 / NCVP5 / NS28


分子量: 6505.740 Da / 分子数: 10 / 断片: DIARRHEA-INDUCING DOMAIN (UNP RESIDUES 95-146) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus G4 (ウイルス) / 株: strain St. Thomas 3 / 遺伝子: G10 / プラスミド: PET22B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q82035
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% Dioxane v/v, 0.1 M MES, 1.6 M Ammonium Sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月5日 / 詳細: RH COATED BENT SI (1 1 1) MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.499
反射解像度: 2.5→28.382 Å / Num. all: 16272 / Num. obs: 16272 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22.21
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 74.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→28.382 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 58.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2969 833 5.12 %
Rwork0.2612 --
obs0.2638 16272 96.37 %
all-16272 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 88.164 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.2547 Å20 Å2-0 Å2
2--21.2547 Å20 Å2
3----42.5094 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 108 162 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5084511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9131310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5461-2.70530.439260.38562341X-RAY DIFFRACTION90
2.7053-2.91350.3496980.34632557X-RAY DIFFRACTION96
2.9135-3.20560.33421660.33342499X-RAY DIFFRACTION94
3.2056-3.66690.36082060.31522427X-RAY DIFFRACTION92
3.6669-4.61030.21631640.20662443X-RAY DIFFRACTION91
4.6103-19.80830.29981730.21522508X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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