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- PDB-3mhf: Tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mhf
タイトルTagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes
要素Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
キーワードLYASE / tagatose aldolase class I / beta barrel / streptococcus pyogenes
機能・相同性
機能・相同性情報


tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity
類似検索 - 分子機能
Tagatose 1,6-diphosphate aldolase / : / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者LowKam, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of a class I tagatose-1,6-bisphosphate aldolase: investigation into an apparent loss of stereospecificity.
著者: LowKam, C. / Liotard, B. / Sygusch, J.
履歴
登録2010年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,23811
ポリマ－145,9574
非ポリマー2817
水41,9932331
1
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1797
ポリマ－72,9792
非ポリマー2005
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
2
C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0594
ポリマ－72,9792
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.863, 105.590, 238.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 / Tagatose-bisphosphate aldolase 2 / D-tagatose-1 / 6-bisphosphate aldolase 2


分子量: 36489.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: lacD.2, lacD2, M5005_Spy1635, SPy_1919 / プラスミド: pKK222 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63705, tagatose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris Acetate, Calcium Acetate, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 144212 / Num. obs: 131345 / % possible obs: 74.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 15756 / Rsym value: 0.513 / % possible all: 82.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.4_161)精密化
CNS精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→43.549 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 12296 10 %Random
Rwork0.1692 ---
obs0.1739 123021 91.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.478 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→43.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10164 0 7 2331 12502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90914105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.23881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041834
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.89130.31062680.27462435X-RAY DIFFRACTION61
1.8913-1.91350.28433010.26132652X-RAY DIFFRACTION67
1.9135-1.93680.2932970.23833052X-RAY DIFFRACTION75
1.9368-1.96140.29123500.21993193X-RAY DIFFRACTION81
1.9614-1.98720.24463640.2183368X-RAY DIFFRACTION84
1.9872-2.01440.25414010.20873453X-RAY DIFFRACTION88
2.0144-2.04320.24714210.19443548X-RAY DIFFRACTION90
2.0432-2.07370.2294130.19553586X-RAY DIFFRACTION90
2.0737-2.10610.24973720.1953636X-RAY DIFFRACTION91
2.1061-2.14060.24964110.2023682X-RAY DIFFRACTION92
2.1406-2.17750.27394160.18623659X-RAY DIFFRACTION93
2.1775-2.21710.22874020.1883772X-RAY DIFFRACTION94
2.2171-2.25970.25844130.18013749X-RAY DIFFRACTION94
2.2597-2.30590.23884160.17673814X-RAY DIFFRACTION95
2.3059-2.3560.22774390.17163793X-RAY DIFFRACTION95
2.356-2.41080.22834210.1753818X-RAY DIFFRACTION96
2.4108-2.47110.23223960.17963903X-RAY DIFFRACTION96
2.4711-2.53790.25314370.1733817X-RAY DIFFRACTION96
2.5379-2.61260.21774740.17793825X-RAY DIFFRACTION97
2.6126-2.69690.24154040.1733973X-RAY DIFFRACTION98
2.6969-2.79320.22194630.17383905X-RAY DIFFRACTION98
2.7932-2.90510.22254210.16893952X-RAY DIFFRACTION98
2.9051-3.03720.21254460.16043952X-RAY DIFFRACTION98
3.0372-3.19730.21134620.15213952X-RAY DIFFRACTION99
3.1973-3.39760.20414370.14623967X-RAY DIFFRACTION98
3.3976-3.65980.16954680.12873925X-RAY DIFFRACTION98
3.6598-4.02780.18254230.12314036X-RAY DIFFRACTION98
4.0278-4.61010.16194670.12274025X-RAY DIFFRACTION98
4.6101-5.80610.18944710.14384065X-RAY DIFFRACTION98
5.8061-43.56110.19394220.20474218X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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