PDB-3mgx: Crystal Structure of P450 OxyD that is involved in the Biosynthes...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mgx

タイトル

Crystal Structure of P450 OxyD that is involved in the Biosynthesis of Vancomycin-type Antibiotics

要素

Putative P450 monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Oxidase / Haem Protein / Vancomycin Biosynthesis / Carrier Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / hydrolase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis balhimycina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cryle, M.J. / Schlichting, I.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of oxyd, a cytochrome p450 involved in {beta}-hydroxytyrosine formation in vancomycin biosynthesis
著者: Cryle, M.J. / Meinhart, A. / Schlichting, I.

履歴

登録	2010年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mgx.cif.gz	273.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mgx.ent.gz	215 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mgx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mgx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3mgx_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	3mgx_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ejbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yoo-2 3q1c-d 6j87-2 3vsc-1 5ysw-d 6zhz-6 6f8a-2 4g48-d 3ofu-6 2ij7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative P450 monooxygenase

B: Putative P450 monooxygenase

ヘテロ分子

92.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative P450 monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative P450 monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.850, 61.050, 100.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative P450 monooxygenase / Cytochrome P450 OxyD (CYP146) 分子量: 45377.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis balhimycina (バクテリア) 株: DSM 5908 / 遺伝子: oxyD / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q939Y1, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 18% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99986 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月10日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 45824 / Num. obs: 44661 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 5487 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EJB

3ejb

解像度: 2.1→19.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 10.716 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23302	2286	5 %	RANDOM
R_work	0.20786	-	-	-
obs	0.20913	43424	100 %	-
all	-	45824	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.757 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	-0.71 Å²
2-	-	0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5968	0	146	204	6318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.884	2.013	8552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.162	5	781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.665	22.724	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.376	15	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.39	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.152	1.5	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.287	2	6281
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.408	3	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.691	4.5	2269

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	164	-
R_work	0.242	3123	-
obs	-	3123	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8278	-0.3323	0.7995	1.8684	-0.9827	3.3343	-0.1301	-0.2352	0.3578	0.0614	0.0885	0.144	-0.0306	-0.3323	0.0416	0.0186	-0.011	-0.0042	0.1708	-0.0387	0.0693	37.428	12.8583	41.2618
2	6.098	-0.956	0.7572	7.0938	-1.669	5.7556	-0.079	-0.5633	-0.6866	-0.211	-0.0654	0.2283	0.9498	-0.3608	0.1444	0.2828	-0.0993	0.0385	0.2278	0.0355	0.0943	42.5656	-5.7861	45.3629
3	8.3709	2.5778	1.417	11.0585	2.4529	4.0958	-0.157	-0.7927	0.1293	1.1024	0.1236	-0.6514	0.1735	0.2092	0.0334	0.1899	0.0702	-0.0787	0.3009	0.0065	0.0601	51.5162	1.9773	60.1704
4	2.1208	-0.3131	-0.0911	2.1637	-1.0739	3.5184	-0.1291	0.2038	0.3413	-0.2011	0.1338	0.0728	0.0478	-0.2144	-0.0046	0.0344	-0.0442	-0.0307	0.2007	-0.0038	0.0753	41.842	12.7257	33.3622
5	9.1821	-2.4556	-0.8241	4.1857	0.8048	3.5913	0.0531	0.7308	-1.0873	-0.8978	-0.0721	0.389	0.6844	-0.2021	0.019	0.5119	-0.161	-0.0695	0.2518	-0.0267	0.1529	39.5025	-3.8159	26.8996
6	2.4497	1.7118	0.1893	1.8714	0.4437	3.9173	-0.2715	0.1932	-0.0805	-0.1278	0.0706	-0.4435	-0.0616	0.7599	0.2009	0.117	-0.0629	0.0004	0.2311	0.0743	0.2935	29.9457	13.2467	11.3165
7	2.8204	1.026	1.3147	2.2283	0.8412	2.4435	-0.1728	0.3667	0.1697	-0.1054	0.0242	0.1416	-0.0923	0.188	0.1486	0.0804	-0.0105	0.0369	0.0562	0.026	0.1103	11.1417	6.0498	3.1881
8	4.2294	0.2171	0.7562	2.8683	0.4076	3.333	0.1685	0.3283	-0.4027	-0.1937	-0.0382	0.0731	0.2966	0.2859	-0.1303	0.1258	0.0436	-0.0052	0.0479	-0.0547	0.1397	9.165	-9.2998	-1.4069
9	2.0967	0.3681	1.0744	1.9059	0.701	2.6426	-0.099	-0.0959	0.307	0.1396	-0.0767	0.0987	-0.1489	-0.0031	0.1756	0.0708	-0.0161	0.0129	0.0167	-0.0034	0.1192	12.5773	10.448	13.7617
10	7.2033	1.871	-0.2066	3.6568	-0.9373	4.422	0.4175	-0.7724	-0.5171	0.7764	-0.3198	-0.1641	0.486	0.1813	-0.0977	0.4157	-0.0786	-0.0145	0.0987	0.0353	0.1105	14.5222	-4.5717	23.0907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	191 - 224
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	225 - 358
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	359 - 396
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 44
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	45 - 138
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	139 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	228 - 357
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	358 - 396

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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