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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mgn | ||||||
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タイトル | D-Peptide inhibitor PIE71 in complex with IQN17 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/VIRAL PROTEIN inhibitor / PIE71 / IQN17 / HIV / helix / coiled-coil / D-peptide inhibitor / VIRAL PROTEIN-VIRAL PROTEIN inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Hill, C.P. / Whitby, F.G. / Kay, M. / Francis, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010 タイトル: Design of a potent D-peptide HIV-1 entry inhibitor with a strong barrier to resistance. 著者: Welch, B.D. / Francis, J.N. / Redman, J.S. / Paul, S. / Weinstock, M.T. / Reeves, J.D. / Lie, Y.S. / Whitby, F.G. / Eckert, D.M. / Hill, C.P. / Root, M.J. / Kay, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mgn.cif.gz | 92.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mgn.ent.gz | 81.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mgn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mgn_validation.pdf.gz | 502.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mgn_full_validation.pdf.gz | 507.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mgn_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mgn_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mgn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5466.574 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質・ペプチド | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: QIAGEN PACT condition G4 - 20% Peg 3350, 0.1 M Bis Tris Propane, pH 7.5, 0.2 M Potassium Thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 82774 / Num. obs: 82774 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 19.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→27.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.313 / WRfactor Rwork: 0.286 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.789 / SU B: 1.349 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.084 / SU Rfree: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.03 Å2 / Biso mean: 31.168 Å2 / Biso min: 6.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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