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万見
- PDB-3mgn: D-Peptide inhibitor PIE71 in complex with IQN17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mgn
タイトルD-Peptide inhibitor PIE71 in complex with IQN17
要素
  • D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
  • IQN17
キーワードVIRAL PROTEIN/VIRAL PROTEIN inhibitor / PIE71 / IQN17 / HIV / helix / coiled-coil / D-peptide inhibitor / VIRAL PROTEIN-VIRAL PROTEIN inhibitor complex
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hill, C.P. / Whitby, F.G. / Kay, M. / Francis, N.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Design of a potent D-peptide HIV-1 entry inhibitor with a strong barrier to resistance.
著者: Welch, B.D. / Francis, J.N. / Redman, J.S. / Paul, S. / Weinstock, M.T. / Reeves, J.D. / Lie, Y.S. / Whitby, F.G. / Eckert, D.M. / Hill, C.P. / Root, M.J. / Kay, M.S.
履歴
登録2010年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IQN17
B: IQN17
C: IQN17
D: IQN17
E: IQN17
F: IQN17
G: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
H: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
I: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
J: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
K: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
L: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,04512
ポリマ－44,04512
非ポリマー00
水7,008389
1
A: IQN17
B: IQN17
C: IQN17
H: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
K: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
L: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0226
ポリマ－22,0226
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9650 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
2
D: IQN17
E: IQN17
F: IQN17
G: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
I: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
J: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0226
ポリマ－22,0226
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9560 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.920, 30.791, 132.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
IQN17


分子量: 5466.574 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド
D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1874.236 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 参照: D-PEPTIDE INHIBITOR PIE71
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: QIAGEN PACT condition G4 - 20% Peg 3350, 0.1 M Bis Tris Propane, pH 7.5, 0.2 M Potassium Thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 82774 / Num. obs: 82774 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.4-1.453.90.31681000.787197.6
1.45-1.513.90.15181340.995197.5
1.51-1.583.90.13681040.982196.9
1.58-1.6640.11980621.015196.6
1.66-1.764.40.10881011.052196.7
1.76-1.950.09282210.98197.7
1.9-2.0960.07483750.934199
2.09-2.397.40.06384170.9141100
2.39-3.027.50.04785210.8121100
3.02-3010.10.04887391.0551100

-
位相決定

Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.95 Å
Translation2.5 Å27.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→27.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.313 / WRfactor Rwork: 0.286 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.789 / SU B: 1.349 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.084 / SU Rfree: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1654 2 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.262 82186 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.03 Å2 / Biso mean: 31.168 Å2 / Biso min: 6.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 0 389 3383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0942.0344047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3465323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.90825.769104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25615602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7311519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6621.51797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12522831
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70831300
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8224.51216
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 126 -
Rwork0.306 5818 -
all-5944 -
obs--97.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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