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万見
- PDB-3mg9: Teg 12 Binary Structure Complexed with the Teicoplanin Aglycone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mg9
タイトルTeg 12 Binary Structure Complexed with the Teicoplanin Aglycone
要素
  • TEG12
  • TEICOPLANIN AGLYCONE
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / SULFOTRANSFERASE / GLYOPEPTIDE / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfation / sulfotransferase activity / peptide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Teicoplanin Aglycone / FORMIC ACID / Teg12
類似検索 - 構成要素
生物種UNCULTURED SOIL BACTERIUM (環境試料)
NONOMURAEA SP. ATCC 39727 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Bick, M.J. / Banik, J.J. / Darst, S.A. / Brady, S.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of the Glycopeptide Sulfotransferase Teg12 in a Complex with the Teicoplanin Aglycone.
著者: Bick, M.J. / Banik, J.J. / Darst, S.A. / Brady, S.F.
履歴
登録2010年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TEG12
B: TEICOPLANIN AGLYCONE
C: TEICOPLANIN AGLYCONE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7866
ポリマ－34,6023
非ポリマー1843
水1,71195
1
A: TEG12
B: TEICOPLANIN AGLYCONE
C: TEICOPLANIN AGLYCONE
ヘテロ分子

A: TEG12
B: TEICOPLANIN AGLYCONE
C: TEICOPLANIN AGLYCONE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,57312
ポリマ－69,2056
非ポリマー3686
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455-x-1/2,y,-z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-47.2 kcal/mol
Surface area21490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.119, 80.154, 132.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2056-

HOH

21A-2060-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TEG12


分子量: 32188.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) UNCULTURED SOIL BACTERIUM (環境試料)
遺伝子: TEG1, TEG12 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B7T1D7, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#2: タンパク質・ペプチド TEICOPLANIN AGLYCONE


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1206.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: TEICOPLANIN AGLYCON IS THE NONSUGAR COMPONENT OF TEICOPLANIN, CONSISTING OF THE TETRACYCLIC HEPTAPEPTIDE ONLY.
由来: (天然) NONOMURAEA SP. ATCC 39727 (バクテリア)
参照: Teicoplanin Aglycone
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE ...TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE FURTHER GLYCOSYLATED BY THREE MONO SACCHARIDES: MANNOSE, N-ACETYLGLUCOSAMINE AND BETA-D-GLUCOSAMINE AND ONLY DIFFER BY THE SIDE CHAIN ATTACHED TO THE LATTER. HERE, TEICOPLANIN AGLYCON IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 10MG/ML PROTEIN. 1:1 UL HANGING DROPS. 1.0M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 1MM TEICOPLANIN AGLYCONE, 25 MM CHES, PH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月9日
放射モノクロメーター: VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING MIRRORS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.266→50 Å / Num. obs: 16630 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.0868 / Rsym value: 0.0868 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Rsym value: 0.542 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OV8

2ov8


解像度: 2.27→34.32 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 798 5.06 %
Rwork0.173 --
obs0.176 15758 93.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.09 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0232 Å20 Å20 Å2
2--0.9791 Å20 Å2
3---2.0441 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→34.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2115 0 12 95 2222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0382983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.406874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.019377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.266-2.40780.23451170.20182160X-RAY DIFFRACTION82
2.4078-2.59370.2341370.19572333X-RAY DIFFRACTION90
2.5937-2.85460.25521550.19162449X-RAY DIFFRACTION94
2.8546-3.26740.25471430.19112578X-RAY DIFFRACTION98
3.2674-4.11550.20871250.14862648X-RAY DIFFRACTION99
4.1155-34.3250.19481210.16452792X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0187-0.02980.00140.55670.38610.29470.2607-0.2286-0.0025-0.1869-0.2214-0.15820.0670.14380.00260.23890.17020.13050.66610.02760.3258-3.56570.848910.0219
20.00270.0062-0.00420.04530.0270.0496-1.06270.88160.0382-0.2371-0.231.41430.1323-1.18770.00060.8886-0.10560.3530.8005-0.18071.0637
30.526-0.37870.0950.49190.20950.3578-0.2905-0.3636-0.69330.20510.0488-0.02910.5835-0.138900.2129-0.03150.08590.2830.05850.2611
40.01040.0379-0.05580.89750.02630.36380.05540.0709-0.05920.9519-0.3189-0.7983-0.40650.0353-0.00620.4299-0.06810.11880.30680.04110.3577
50.04040.0506-0.03840.1163-0.06130.0372-0.23850.1503-1.1334-0.8433-0.05380.8226-0.1195-0.47850.00020.40390.00580.08470.54260.13350.7145
60.77010.59931.04061.7311-0.05512.41560.1389-0.0723-0.2427-0.0144-0.0747-0.05050.32630.0318-0.00010.17730.0560.03020.15630.07910.1706
71.334-0.0453-0.21290.8737-1.24631.8145-0.32510.20680.1433-0.15450.11890.1712-0.0996-0.0112-0.00010.19970.05360.00490.1894-0.0240.2031
80.25310.2062-0.04040.26060.17720.4403-0.313-0.93890.18120.32720.24570.1852-0.2779-0.12390.00020.23990.1532-0.00860.3857-0.04320.2129
91.18710.04480.3491.34560.10171.91750.03960.0735-0.2382-0.0826-0.12-0.16640.10660.19460.00010.1520.07740.0720.13450.03710.1783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID -8:-5)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN C)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 91:109)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 205:216)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 0:90)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 247:285)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 110:129)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 135:204)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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