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万見
- PDB-3mfh: DNA Polymerase Eta in Complex With Undamaged DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mfh
タイトルDNA Polymerase Eta in Complex With Undamaged DNA
要素
  • 5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*(DOC))-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*C)-3'
  • DNA polymerase eta
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA POLYMERASE ETA / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA REPLICATION / DNA SYNTHESIS / DNA DAMAGE / DNA BINDING / PROTEIN-DNA COMPLEX / MAGNESIUM / METAL BINDING / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / THYMIDINE DIMER / CPD / UV-DAMAGE / DNA REPAIR / NUCLEUS / MUTATOR PROTEIN / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA replication ...Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Silverstein, T.D. / Johnson, R.E. / Jain, R. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the suppression of skin cancers by DNA polymerase eta.
著者: Silverstein, T.D. / Johnson, R.E. / Jain, R. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2010年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
P: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*(DOC))-3'
T: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7788
ポリマ－67,0463
非ポリマー7325
水11,295627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area25250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.745, 227.935, 85.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / Radiation-sensitive protein 30


分子量: 58813.402 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-513 / 変異: K140A,S144W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD30, DBH1, YDR419W / プラスミド: pSL414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q04049, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*(DOC))-3'


分子量: 3205.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*C)-3'


分子量: 5027.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 632分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 24% PEG 4000, 0.1 M TRIS, 0.2 M lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月9日 / 詳細: Si (111) Monochromator, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Si (111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 58871 / Num. obs: 58752 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Num. unique all: 5783 / Χ2: 1.29 / % possible all: 99.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JIH

1jih


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.193 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.849 / SU B: 7.721 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / SU Rfree: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 2972 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.195 58583 99.51 %-
all-58871 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.07 Å2 / Biso mean: 28.998 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 484 42 627 5172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.462.1046548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92937564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8665529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60225.054184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47115762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3151518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7691.52585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1741.51045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41424191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98632171
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0264.52351
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 188 -
Rwork0.422 3913 -
all-4101 -
obs--95.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2442-0.2229-0.29450.94350.60970.68160.0081-0.0039-0.0615-0.0532-0.05-0.08110.0006-0.05010.04190.11830.00860.03150.11820.01190.134-19.475436.60740.7359
20.4035-0.9222-0.56174.72523.32753.3857-0.0419-0.1229-0.09550.04730.0406-0.2040.16540.08470.00130.1150.01390.03860.08850.05880.1821-16.912826.18883.3153
30.4996-0.1211-0.13140.40630.32350.82550.00450.02270.0231-0.0032-0.0026-0.0441-0.07310.0312-0.00190.0997-0.0254-0.00130.12770.01350.1051-24.116155.174513.1398
42.1115-0.64480.66311.3173-0.35140.90850.12820.1006-0.21830.0253-0.09650.2985-0.0630-0.03170.06510.0254-0.02310.1382-0.03010.1341-48.275648.26490.2377
51.11980.80130.95251.2170.65292.92940.0179-0.0176-0.08030.0426-0.02030.1070.0134-0.08720.00240.13230.02440.03660.00760.00220.1431-31.873913.22874.095
60.6676-0.5418-0.22672.1602-0.390.2711-0.0628-0.22630.0036-0.17060.04490.05310.11380.12440.01790.1555-0.03640.00050.1577-0.01570.1338-43.795224.53754.4845
72.10410.7955-0.68940.3651-0.27650.2387-0.04020.02530.27-0.09740.08880.12960.0603-0.0259-0.04860.1565-0.04610.01790.1377-0.00790.1397-40.975224.84252.7428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2A105 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3A150 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4A307 - 388
5X-RAY DIFFRACTION5A389 - 512
6X-RAY DIFFRACTION6P1 - 11
7X-RAY DIFFRACTION7D4 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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