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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mfe | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Proteasome open-gate mutant with H0 movement | ||||||
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![]() | HYDROLASE / Catalytic Domain / Hydrogen Bonding / Mycobacterium tuberculosis / Oxazolidinones / Protease Inhibitors / Proteasome Endopeptidase Complex / Protein Carbonylation / Protein Conformation / Protein Subunits / Substrate Specificity / Thiazoles / helix movement | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated perturbation of host defenses / cell wall / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / cell wall / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, D. / Li, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the assembly and gate closure mechanisms of the Mycobacterium tuberculosis 20S proteasome. 著者: Li, D. / Li, H. / Wang, T. / Pan, H. / Lin, G. / Li, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 938 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 691.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 858.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 264.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 326.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25300.258 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MT2170, prcB, Rv2110c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O33245, UniProt: P9WHT9*PLUS, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 25274.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MT2170, prcB, Rv2110c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O33245, UniProt: P9WHT9*PLUS, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 25971.975 Da / 分子数: 14 / Fragment: UNP RESIDUES 10-248 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MT2169, prcA, Rv2109c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O33244, UniProt: P9WHU1*PLUS, proteasome endopeptidase complex #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 13.5% PEG 6000, 60mM sodium citrate, pH 5.8, 0.1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0809 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.56→50 Å / Num. all: 203735 / Num. obs: 195691 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 18667 / % possible all: 88.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3HFA 解像度: 2.6→29.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 4680824.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.8279 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.87 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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