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- PDB-3mfe: Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Proteasome open-g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mfe
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Proteasome open-gate mutant with H0 movement
要素
  • (Proteasome subunit beta) x 2
  • Proteasome subunit alpha
キーワードHYDROLASE / Catalytic Domain / Hydrogen Bonding / Mycobacterium tuberculosis / Oxazolidinones / Protease Inhibitors / Proteasome Endopeptidase Complex / Protein Carbonylation / Protein Conformation / Protein Subunits / Substrate Specificity / Thiazoles / helix movement
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / cell wall / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / cell wall / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit ...Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, D. / Li, H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the assembly and gate closure mechanisms of the Mycobacterium tuberculosis 20S proteasome.
著者: Li, D. / Li, H. / Wang, T. / Pan, H. / Lin, G. / Li, H.
履歴
登録2010年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Proteasome subunit beta
C: Proteasome subunit beta
E: Proteasome subunit beta
G: Proteasome subunit beta
J: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta
P: Proteasome subunit beta
R: Proteasome subunit beta
T: Proteasome subunit beta
V: Proteasome subunit beta
X: Proteasome subunit beta
Z: Proteasome subunit beta
2: Proteasome subunit beta
D: Proteasome subunit alpha
A: Proteasome subunit alpha
B: Proteasome subunit alpha
F: Proteasome subunit alpha
I: Proteasome subunit alpha
K: Proteasome subunit alpha
M: Proteasome subunit alpha
O: Proteasome subunit alpha
Q: Proteasome subunit alpha
S: Proteasome subunit alpha
U: Proteasome subunit alpha
W: Proteasome subunit alpha
Y: Proteasome subunit alpha
1: Proteasome subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)717,75928
ポリマ－717,75928
非ポリマー00
水18,5191028
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area79150 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area221300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.968, 207.554, 142.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Proteasome subunit beta / Proteasome core protein prcB / 20S proteasome beta subunit


分子量: 25300.258 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT2170, prcB, Rv2110c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O33245, UniProt: P9WHT9*PLUS, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit beta / Proteasome core protein prcB / 20S proteasome beta subunit


分子量: 25274.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT2170, prcB, Rv2110c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O33245, UniProt: P9WHT9*PLUS, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質
Proteasome subunit alpha / Proteasome core protein prcA / 20S proteasome alpha subunit


分子量: 25971.975 Da / 分子数: 14 / Fragment: UNP RESIDUES 10-248 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT2169, prcA, Rv2109c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O33244, UniProt: P9WHU1*PLUS, proteasome endopeptidase complex
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 13.5% PEG 6000, 60mM sodium citrate, pH 5.8, 0.1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→50 Å / Num. all: 203735 / Num. obs: 195691 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 18667 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HFA

3hfa


解像度: 2.6→29.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 4680824.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 9912 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 191980 96.5 %-
all-198944 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.8279 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45862 0 0 1028 46890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.042.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 899 4.9 %
Rwork0.326 17534 -
obs-18433 89.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_OZT.paramprotein_OZT.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4DMF.paramDMF.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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