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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mfb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the S-type Pyocin domain of ECA1669 protein from Erwinia carotovora, Northeast Structural Genomics Consortium Target EwR82C | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics / Unknown function / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | S-type Pyocin / PAAR motif / PAAR motif / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / cytolysis / : / defense response to bacterium / Pyosin/cloacin_T_dom domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Erwinia carotovora (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target EwR82C 著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mfb.cif.gz | 134.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mfb.ent.gz | 111 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mfb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mfb_validation.pdf.gz | 449.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mfb_full_validation.pdf.gz | 462.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mfb_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mfb_validation.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mfb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18308.777 Da / 分子数: 4 / 断片: S-type Pyocin domain residues 332-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Erwinia carotovora (バクテリア) / 株: SCRI1043 / 遺伝子: ECA1669 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q6D6L3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.93 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: 0.1M MES (pH 6.5), 30% PEG 5K MME, and 0.2M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97885 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月25日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97885 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 60424 / Num. obs: 56618 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 7.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 6084 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 83.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000944.188 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.021 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 10
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