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万見
- PDB-3mf6: Computationally designed endo-1,4-beta-xylanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mf6
タイトルComputationally designed endo-1,4-beta-xylanase
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / peptide binding / jelly-role / designed / computational / family 11 / thumb / Glycosidase / Xylan degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 ...Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermopolyspora flexuosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Morin, A. / Harp, J.M.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2011
タイトル: Computational design of an endo-1,4-{beta}-xylanase ligand binding site.
著者: Morin, A. / Kaufmann, K.W. / Fortenberry, C. / Harp, J.M. / Mizoue, L.S. / Meiler, J.
履歴
登録2010年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6254
ポリマ－21,3371
非ポリマー2883
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.885, 63.885, 107.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 21337.061 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-234 / 変異: W21R,N47L,V49L,Y75R,E88S,Y90H,F134Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermopolyspora flexuosa (バクテリア)
遺伝子: xyn11A / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8GMV7, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10mg.mL protein conc., 0.1 M NaCl, 1.125 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 3% Jeffamine M600 pH 7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日
放射モノクロメーター: double crystal si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→55.3 Å / Num. all: 62659 / Num. obs: 62177 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.284→1.317 Å / % possible all: 99.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.28→55.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.868 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14485 3326 5.1 %RANDOM
Rwork0.12865 ---
obs0.12948 62177 99.78 %-
all-62659 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.476 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20.24 Å2-0 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→55.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1508 0 15 193 1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0211611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2351.9092211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25532535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.775209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.62122.36876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.8115232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6831513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2080.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8011.5970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1051.5415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.88321570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2433641
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.24.5632
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.65432664
LS精密化 シェル解像度: 1.284→1.317 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 252 -
Rwork0.251 4534 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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