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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mey | ||||||
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タイトル | Crystal structure of class II aaRS homologue (Bll0957) complexed with ATP | ||||||
要素 | Bll0957 protein | ||||||
キーワード | LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / seryl-tRNA synthetase / zinc ion / amino acid:[carrier protein] ligase / Bll0957 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Weygand-Durasevic, I. / Mocibob, M. / Ivic, N. / Bilokapic, S. / Maier, T. / Luic, M. / Ban, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Homologs of aminoacyl-tRNA synthetases acylate carrier proteins and provide a link between ribosomal and nonribosomal peptide synthesis 著者: Mocibob, M. / Ivic, N. / Bilokapic, S. / Maier, T. / Luic, M. / Ban, N. / Weygand-Durasevic, I. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Structure of the unusual seryl-tRNA synthetase reveals a distinct zinc-dependent mode of substrate recognition 著者: Bilokapic, S. / Maier, T. / Ahel, D. / Gruic-Sovulj, I. / Soll, D. / Weygand-Durasevic, I. / Ban, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mey.cif.gz | 127.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mey.ent.gz | 103.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mey_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mey_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3mey_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mey_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3mey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3mey | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38159.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 株: USDA110 / 遺伝子: bll0957 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89VT8 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, gycerol, pH 4.6, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54056 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月21日 |
放射 | モノクロメーター: Nova optical assembly incorporating graded multilayer optics プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54056 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20.74 Å / Num. all: 23202 / Num. obs: 23173 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.7807 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.73 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. measured all: 19068 / Num. unique all: 3326 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→20.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 117.75 Å2 / Biso mean: 31.623 Å2 / Biso min: 5.17 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.265 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 12
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