PDB-3mek: Crystal Structure of Human Histone-Lysine N-methyltransferase SMY...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mek

タイトル

Crystal Structure of Human Histone-Lysine N-methyltransferase SMYD3 in Complex with S-adenosyl-L-methionine

要素

SET and MYND domain-containing protein 3

キーワード

TRANSFERASE / histone methyltransferase / SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1 / histone H3 / di-methylation / tri-methylation / transcriptional activation / DNA-binding / MYND-type zinc finger / SET domain / chromatin modification / Alternative splicing / Chromatin regulator / Cytoplasm / Metal-binding / Methyltransferase / Nucleus / S-adenosyl-L-methionine / Zinc / Zinc-finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lam, R. / Dombrovski, L. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Histone-Lysine N-methyltransferase SMYD3 in Complex with S-adenosyl-L-methionine
著者: Lam, R. / Dombrovski, L. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Wu, H.

履歴

登録	2010年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mek.cif.gz	180.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mek.ent.gz	148.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mek_validation.pdf.gz	777.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mek_full_validation.pdf.gz	777.6 KB	表示
XML形式データ	3mek_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	3mek_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3mek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3mek	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ru0-1 7bj1-d 3s7d-d 6ijl-d 3pdn-d 6o9o-d 6p6g-d 6yuh-d 3oxf-2 5arf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SET and MYND domain-containing protein 3

ヘテロ分子

50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.809, 65.923, 108.102
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1 分子量: 49985.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD3, ZMYND1, ZNFN3A1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H7B4, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THEY BASED THE TEMPLATE FOR SMYD3 ON THE MGC CLONE (ACCESSION BC031010, VERSION ...AUTHORS STATE THAT THEY BASED THE TEMPLATE FOR SMYD3 ON THE MGC CLONE (ACCESSION BC031010, VERSION BC031010.1, GI:21410973)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 8 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Mg Formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日詳細: ROSENBAUM-ROCK HIGH- RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
放射	モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 26234 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.423 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.09 Å / D res low: 44.7 Å / FOM acentric: 0.336 / FOM centric: 0.135 / Reflection acentric: 23070 / Reflection centric: 3102

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	2.09	44.7	23070	3102
ANO_1	0.816	0	2.09	44.7	23064	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	9.18-44.7	0	218	146
ISO_1	6.56-9.18	0	437	153
ISO_1	5.37-6.56	0	578	158
ISO_1	4.66-5.37	0	696	152
ISO_1	4.17-4.66	0	809	152
ISO_1	3.81-4.17	0	893	158
ISO_1	3.53-3.81	0	973	156
ISO_1	3.31-3.53	0	1062	155
ISO_1	3.12-3.31	0	1121	159
ISO_1	2.96-3.12	0	1203	155
ISO_1	2.82-2.96	0	1266	156
ISO_1	2.7-2.82	0	1316	159
ISO_1	2.6-2.7	0	1403	153
ISO_1	2.5-2.6	0	1430	159
ISO_1	2.42-2.5	0	1486	160
ISO_1	2.34-2.42	0	1536	145
ISO_1	2.27-2.34	0	1616	162
ISO_1	2.21-2.27	0	1657	153
ISO_1	2.15-2.21	0	1709	162
ISO_1	2.09-2.15	0	1661	149
ANO_1	9.18-44.7	0.448	218	0
ANO_1	6.56-9.18	0.392	437	0
ANO_1	5.37-6.56	0.424	578	0
ANO_1	4.66-5.37	0.564	695	0
ANO_1	4.17-4.66	0.656	809	0
ANO_1	3.81-4.17	0.694	892	0
ANO_1	3.53-3.81	0.697	972	0
ANO_1	3.31-3.53	0.681	1062	0
ANO_1	3.12-3.31	0.742	1121	0
ANO_1	2.96-3.12	0.71	1203	0
ANO_1	2.82-2.96	0.782	1266	0
ANO_1	2.7-2.82	0.786	1316	0
ANO_1	2.6-2.7	0.832	1403	0
ANO_1	2.5-2.6	0.878	1430	0
ANO_1	2.42-2.5	0.912	1486	0
ANO_1	2.34-2.42	0.931	1536	0
ANO_1	2.27-2.34	0.953	1616	0
ANO_1	2.21-2.27	0.965	1654	0
ANO_1	2.15-2.21	0.976	1709	0
ANO_1	2.09-2.15	0.984	1661	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-13.473	-14.43	-16.907	SE	21.99	1.86
2	-20.36	-1.728	-24.746	SE	24.57	1.48
3	-26.087	-15.522	-14.923	SE	23.95	1.45
4	-14.56	-16.6	-13.883	SE	28.68	1.58
5	-29.198	-1.78	-27.643	SE	27.34	1.29
6	-39.273	-4.852	-7.813	SE	41.82	1.6
7	-56.016	6.586	0.434	SE	32.62	1.14
8	-26.061	3.328	-21.465	SE	30.57	1.16
9	-23.109	-17.894	-21.765	SE	27.31	1.13
10	-16.98	-6.655	-14.42	SE	52.15	1.49
11	-34.763	-53.985	-1.295	SE	32.24	1
12	-44.591	-39.18	-11.785	SE	18.3	0.67
13	-39.774	-26.521	-23.767	SE	25.82	0.74
14	-41.404	-27.181	-3.562	SE	34.17	0.8
15	-44.664	-49.659	-4.14	SE	42.52	0.85
16	-26.099	-28.716	-16.638	SE	53.36	1.04

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
9.18-44.7	0.63	0.211	218	146
6.56-9.18	0.645	0.202	437	153
5.37-6.56	0.614	0.211	578	158
4.66-5.37	0.541	0.144	696	152
4.17-4.66	0.459	0.12	809	152
3.81-4.17	0.439	0.142	893	158
3.53-3.81	0.448	0.11	973	156
3.31-3.53	0.438	0.129	1062	155
3.12-3.31	0.401	0.115	1121	159
2.96-3.12	0.417	0.131	1203	155
2.82-2.96	0.385	0.133	1266	156
2.7-2.82	0.383	0.14	1316	159
2.6-2.7	0.345	0.123	1403	153
2.5-2.6	0.304	0.132	1430	159
2.42-2.5	0.274	0.114	1486	160
2.34-2.42	0.255	0.114	1536	145
2.27-2.34	0.223	0.105	1616	162
2.21-2.27	0.203	0.119	1657	153
2.15-2.21	0.181	0.113	1709	162
2.09-2.15	0.169	0.104	1661	149

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 26172

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.15-100	66.7	0.705	510
6.4-8.15	68.5	0.852	510
5.55-6.4	57.6	0.852	508
4.99-5.55	64.2	0.886	558
4.57-4.99	61.1	0.896	620
4.24-4.57	66.4	0.916	648
3.97-4.24	61.4	0.925	698
3.75-3.97	61.9	0.921	737
3.56-3.75	62.3	0.903	772
3.4-3.56	63.4	0.901	822
3.25-3.4	61.5	0.892	849
3.13-3.25	67.5	0.884	869
3.01-3.13	64.9	0.87	909
2.91-3.01	63.9	0.849	948
2.82-2.91	66.1	0.853	980
2.74-2.82	67	0.852	1014
2.66-2.74	66.1	0.844	1012
2.59-2.66	67.5	0.833	1066
2.53-2.59	69.9	0.843	1092
2.47-2.53	69.6	0.849	1104
2.41-2.47	73.8	0.829	1148
2.36-2.41	74.9	0.836	1150
2.31-2.36	74.6	0.824	1189
2.26-2.31	74.5	0.818	1201
2.22-2.26	76.4	0.81	1254
2.18-2.22	78.7	0.784	1240
2.14-2.18	79.6	0.783	1265
2.09-2.14	78.8	0.714	1499

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	1328	5.074 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.17584	26172	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.027 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.028 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3339	0	30	175	3544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.984	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.34	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.04	24.013	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.559	15	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.047	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.628	1.5	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.261	2	3428
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.321	3	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.853	4.5	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	94	-
R_work	0.187	1716	-
obs	-	-	96.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.208 Å / Origin y: 32.592 Å / Origin z: 12.902 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0082 Å²	-0.0053 Å²	-0.0015 Å²	-	0.0092 Å²	0.0014 Å²	-	-	0.0184 Å²
L	0.1889 °²	-0.1144 °²	-0.1562 °²	-	0.3384 °²	0.1611 °²	-	-	0.4733 °²
S	0.0155 Å °	0.0002 Å °	0.0098 Å °	-0.0274 Å °	-0.0026 Å °	-0.0124 Å °	-0.0542 Å °	0.0211 Å °	-0.0129 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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