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万見
- PDB-3mek: Crystal Structure of Human Histone-Lysine N-methyltransferase SMY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mek
タイトルCrystal Structure of Human Histone-Lysine N-methyltransferase SMYD3 in Complex with S-adenosyl-L-methionine
要素SET and MYND domain-containing protein 3
キーワードTRANSFERASE / histone methyltransferase / SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1 / histone H3 / di-methylation / tri-methylation / transcriptional activation / DNA-binding / MYND-type zinc finger / SET domain / chromatin modification / Alternative splicing / Chromatin regulator / Cytoplasm / Metal-binding / Methyltransferase / Nucleus / S-adenosyl-L-methionine / Zinc / Zinc-finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines ...histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines / nucleosome assembly / methylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Annexin V; domain 1 - #160 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #970 / Helix Hairpins - #2220 / Histone-lysine N-methyltransferase Smyd3 / SMYD3, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type ...Annexin V; domain 1 - #160 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #970 / Helix Hairpins - #2220 / Histone-lysine N-methyltransferase Smyd3 / SMYD3, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Annexin V; domain 1 / Tetratricopeptide repeat domain / Helix Hairpins / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Helix non-globular / Beta Complex / Special / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lam, R. / Dombrovski, L. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Histone-Lysine N-methyltransferase SMYD3 in Complex with S-adenosyl-L-methionine
著者: Lam, R. / Dombrovski, L. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Wu, H.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SET and MYND domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5805
ポリマ－49,9851
非ポリマー5954
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.809, 65.923, 108.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1


分子量: 49985.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD3, ZMYND1, ZNFN3A1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H7B4, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THEY BASED THE TEMPLATE FOR SMYD3 ON THE MGC CLONE (ACCESSION BC031010, VERSION ...AUTHORS STATE THAT THEY BASED THE TEMPLATE FOR SMYD3 ON THE MGC CLONE (ACCESSION BC031010, VERSION BC031010.1, GI:21410973)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Mg Formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日
詳細: ROSENBAUM-ROCK HIGH- RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 26234 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.09 Å / D res low: 44.7 Å / FOM acentric: 0.336 / FOM centric: 0.135 / Reflection acentric: 23070 / Reflection centric: 3102
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1002.0944.7230703102
ANO_10.81602.0944.7230640
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_19.18-44.700218146
ISO_16.56-9.1800437153
ISO_15.37-6.5600578158
ISO_14.66-5.3700696152
ISO_14.17-4.6600809152
ISO_13.81-4.1700893158
ISO_13.53-3.8100973156
ISO_13.31-3.53001062155
ISO_13.12-3.31001121159
ISO_12.96-3.12001203155
ISO_12.82-2.96001266156
ISO_12.7-2.82001316159
ISO_12.6-2.7001403153
ISO_12.5-2.6001430159
ISO_12.42-2.5001486160
ISO_12.34-2.42001536145
ISO_12.27-2.34001616162
ISO_12.21-2.27001657153
ISO_12.15-2.21001709162
ISO_12.09-2.15001661149
ANO_19.18-44.70.44802180
ANO_16.56-9.180.39204370
ANO_15.37-6.560.42405780
ANO_14.66-5.370.56406950
ANO_14.17-4.660.65608090
ANO_13.81-4.170.69408920
ANO_13.53-3.810.69709720
ANO_13.31-3.530.681010620
ANO_13.12-3.310.742011210
ANO_12.96-3.120.71012030
ANO_12.82-2.960.782012660
ANO_12.7-2.820.786013160
ANO_12.6-2.70.832014030
ANO_12.5-2.60.878014300
ANO_12.42-2.50.912014860
ANO_12.34-2.420.931015360
ANO_12.27-2.340.953016160
ANO_12.21-2.270.965016540
ANO_12.15-2.210.976017090
ANO_12.09-2.150.984016610
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-13.473-14.43-16.907SE21.991.86
2-20.36-1.728-24.746SE24.571.48
3-26.087-15.522-14.923SE23.951.45
4-14.56-16.6-13.883SE28.681.58
5-29.198-1.78-27.643SE27.341.29
6-39.273-4.852-7.813SE41.821.6
7-56.0166.5860.434SE32.621.14
8-26.0613.328-21.465SE30.571.16
9-23.109-17.894-21.765SE27.311.13
10-16.98-6.655-14.42SE52.151.49
11-34.763-53.985-1.295SE32.241
12-44.591-39.18-11.785SE18.30.67
13-39.774-26.521-23.767SE25.820.74
14-41.404-27.181-3.562SE34.170.8
15-44.664-49.659-4.14SE42.520.85
16-26.099-28.716-16.638SE53.361.04
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
9.18-44.70.630.211218146
6.56-9.180.6450.202437153
5.37-6.560.6140.211578158
4.66-5.370.5410.144696152
4.17-4.660.4590.12809152
3.81-4.170.4390.142893158
3.53-3.810.4480.11973156
3.31-3.530.4380.1291062155
3.12-3.310.4010.1151121159
2.96-3.120.4170.1311203155
2.82-2.960.3850.1331266156
2.7-2.820.3830.141316159
2.6-2.70.3450.1231403153
2.5-2.60.3040.1321430159
2.42-2.50.2740.1141486160
2.34-2.420.2550.1141536145
2.27-2.340.2230.1051616162
2.21-2.270.2030.1191657153
2.15-2.210.1810.1131709162
2.09-2.150.1690.1041661149
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 26172
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.15-10066.70.705510
6.4-8.1568.50.852510
5.55-6.457.60.852508
4.99-5.5564.20.886558
4.57-4.9961.10.896620
4.24-4.5766.40.916648
3.97-4.2461.40.925698
3.75-3.9761.90.921737
3.56-3.7562.30.903772
3.4-3.5663.40.901822
3.25-3.461.50.892849
3.13-3.2567.50.884869
3.01-3.1364.90.87909
2.91-3.0163.90.849948
2.82-2.9166.10.853980
2.74-2.82670.8521014
2.66-2.7466.10.8441012
2.59-2.6667.50.8331066
2.53-2.5969.90.8431092
2.47-2.5369.60.8491104
2.41-2.4773.80.8291148
2.36-2.4174.90.8361150
2.31-2.3674.60.8241189
2.26-2.3174.50.8181201
2.22-2.2676.40.811254
2.18-2.2278.70.7841240
2.14-2.1879.60.7831265
2.09-2.1478.80.7141499

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法6.1位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1328 5.074 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.17584 26172 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.027 Å20 Å20 Å2
2--0.028 Å20 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3339 0 30 175 3544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9844666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.345430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.0424.013157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55915626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0471526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6281.52129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26123428
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32131322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8534.51234
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 94 -
Rwork0.187 1716 -
obs--96.02 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.208 Å / Origin y: 32.592 Å / Origin z: 12.902 Å
111213212223313233
T0.0082 Å2-0.0053 Å2-0.0015 Å2-0.0092 Å20.0014 Å2--0.0184 Å2
L0.1889 °2-0.1144 °2-0.1562 °2-0.3384 °20.1611 °2--0.4733 °2
S0.0155 Å °0.0002 Å °0.0098 Å °-0.0274 Å °-0.0026 Å °-0.0124 Å °-0.0542 Å °0.0211 Å °-0.0129 Å °

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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