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- PDB-3mei: Regulatory motif from the thymidylate synthase mRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mei
タイトルRegulatory motif from the thymidylate synthase mRNA
要素RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*(5BU)P*GP*CP*CP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
キーワードRNA / S-turn / C-C base pair
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.968 Å
データ登録者Dibrov, S. / McLean, J. / Hermann, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of an RNA dimer of a regulatory element from human thymidylate synthase mRNA.
著者: Dibrov, S. / McLean, J. / Hermann, T.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*(5BU)P*GP*CP*CP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*(5BU)P*GP*CP*CP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0027
ポリマ－14,8812
非ポリマー1225
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area8140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.928, 38.564, 41.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*(5BU)P*GP*CP*CP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*GP*G)-3')


分子量: 7440.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9197 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.5 % / Av σ(I) over netI: 15.4 / 数: 62295 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.02 / D res high: 1.96 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 7328 / % possible obs: 97.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.22509910.0541.0069.9
3.354.2299.610.0561.07810.4
2.933.3510010.06110.4
2.662.9310010.0911.00110.4
2.472.6610010.1111.01810.4
2.322.4710010.131.03510.3
2.212.3210010.1491.0589
2.112.2198.710.13715.4
2.032.1198.910.1420.9154.9
1.962.0381.910.1541.0762.7
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 13933 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.96-2.032.70.1546181.076181.9
2.03-2.114.90.1427170.915198.9
2.11-2.215.40.1377361198.7
2.21-2.3290.1497461.0581100
2.32-2.4710.30.137431.0351100
2.47-2.6610.40.1117331.0181100
2.66-2.9310.40.0917511.0011100
2.93-3.3510.40.0675311100
3.35-4.2210.40.0567561.078199.6
4.22-509.90.0547751.006199

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm shell解像度: 2→50 Å / Delta phi final: 0.26 / FOM : 0.295 / 反射: 13381

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.968→28.197 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.805 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 640 4.59 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.179 13933 96.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.828 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 80.09 Å2 / Biso mean: 33.136 Å2 / Biso min: 24.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.477 Å20 Å20.31 Å2
2--0.743 Å2-0 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.968→28.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 974 5 132 1111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.281688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.715456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.968-2.120.3441160.2312342245885.7
2.12-2.3330.2371280.2212728285699.2
2.333-2.6710.3061300.20827482878100
2.671-3.3640.251190.1682760287999.69
3.364-28.20.1841470.152715286299.1
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.6207 Å / Origin y: -1.5441 Å / Origin z: 52.1066 Å
111213212223313233
T0.2264 Å20.0092 Å2-0.0264 Å2-0.2542 Å2-0.0077 Å2--0.2018 Å2
L0.1938 °2-0.015 °20.0823 °2--0.1092 °20.0634 °2--0.4878 °2
S0.0066 Å °-0.0451 Å °0.1938 Å °-0.0182 Å °0.1467 Å °-0.0022 Å °0.1192 Å °-0.0055 Å °-0.1084 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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