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- PDB-3meb: Structure of cytoplasmic aspartate aminotransferase from giardia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3meb
タイトルStructure of cytoplasmic aspartate aminotransferase from giardia lamblia
要素Aspartate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / ASPARTATE AMINOTRANSFERASE / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / amino acid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aspartate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia (真核生物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structures of aspartate aminotransferases from Trypanosoma brucei, Leishmania major and Giardia lamblia.
著者: Abendroth, J. / Choi, R. / Wall, A. / Clifton, M.C. / Lukacs, C.M. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W. / Myler, P. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32015年5月13日Group: Database references
改定 1.42015年5月27日Group: Database references
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase
B: Aspartate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,69222
ポリマ－99,9452
非ポリマー1,74720
水14,574809
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.580, 101.150, 81.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 425 / Label seq-ID: 22 - 446

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase


分子量: 49972.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia lamblia (真核生物) / 株: ATCC 50803 / 遺伝子: GL50803_91056 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8B1V5, aspartate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HR INDEX SCREEN G3: 20% PEG 3350, 200MM LI2 SULPHATE, 100MM BISTRISPROPANE, GILAA.01471.A AT 35 MG/ML, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月15日 / 詳細: Rigaku VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 74816 / Num. obs: 71707 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 19.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 5548 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2cst modified with CCP4 program CHAINSAW

2cst


解像度: 1.9→47.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.971 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 3613 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.176 74816 --
obs0.176 71615 95.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 4.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å20 Å2-0.25 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6612 0 108 809 7529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.9579367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.931311363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.895862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66923.798287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34151112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6961524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5981.54257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1691.51731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05426820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79432666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7734.52542
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5563 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.275
Bloose thermal0.8410
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 218 -
Rwork0.227 4613 -
obs--87.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2992-0.0732-0.03880.14470.04510.57690.00910.0378-0.03240.00290.0009-0.01760.0822-0.0076-0.010.0903-0.00340.03620.0278-0.00250.04391.02638.70218.996
20.3595-0.06410.00790.41290.16711.4622-0.01440.0780.0594-0.04650.0130.0398-0.1430.04890.00140.0952-0.01170.02790.04940.01510.05736.95756.9297.574
30.67360.1550.04950.34030.02940.3813-0.01330.0627-0.0036-0.00610.0187-0.02550.0580.0734-0.00540.08110.01010.02970.04840.00040.037413.36343.30818.442
40.6963-0.1568-0.06521.0102-0.4362.24840.05790.09170.0048-0.11820.00820.03540.0576-0.2449-0.06610.0908-0.00960.01020.08060.00140.0091-12.26341.462-3.89
50.3363-0.0463-0.030.0981-0.0510.79030.0258-0.0142-0.04520.0352-0.01160.00390.15480.0301-0.01410.10990.01130.030.01390.00310.05050.25938.29436.161
60.308-0.0013-0.21120.6093-0.04391.07620.0137-0.02770.0170.07320.0001-0.021-0.08190.0207-0.01380.1-0.00070.02420.0274-0.00750.0563-5.72957.07547.495
70.4546-0.14540.07870.302-0.09090.346-0.0091-0.0431-0.00490.01140.01670.02090.0577-0.0808-0.00760.0879-0.01190.03430.0373-0.00340.049-11.88143.32336.445
80.76460.13580.04191.08730.30782.9270.0636-0.1015-0.05210.0982-0.0123-0.08010.11080.354-0.05130.07130.02490.01090.11360.00870.017213.51841.56758.709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2A104 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3A233 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4A330 - 425
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6B104 - 231
7X-RAY DIFFRACTION7B232 - 329
8X-RAY DIFFRACTION8B330 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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