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- PDB-3me4: Crystal structure of mouse RANK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3me4
タイトルCrystal structure of mouse RANK
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
キーワードSIGNALING PROTEIN / RANK / RANKL / RANKL-RANK complex / TNFSF11 / TNFRSF11a / TNF superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / cellular response to zinc ion starvation / positive regulation of osteoclast differentiation / cytokine binding / response to tumor necrosis factor ...multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / cellular response to zinc ion starvation / positive regulation of osteoclast differentiation / cytokine binding / response to tumor necrosis factor / mammary gland alveolus development / lymph node development / positive regulation of bone resorption / response to mechanical stimulus / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to interleukin-1 / ossification / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to insulin / : / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / membrane raft / external side of plasma membrane / cell surface / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Walter, S.W. / Liu, C. / Zhu, X. / Wu, Y. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Gao, B. / Ren, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Insights of RANKL-RANK Interaction and Signaling.
著者: Liu, C. / Walter, T.S. / Huang, P. / Zhang, S. / Zhu, X. / Wu, Y. / Wedderburn, L.R. / Tang, P. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Ren, J. / Gao, B.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,86715
ポリマ－48,0362
非ポリマー83113
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.819, 94.245, 102.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The protein RANK forms a 3:3 hetero-hexamer with its ligand RANKL. The dimer observed in the crystal asymmetric unit does not represent the biological oligomerization state

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A / Receptor activator of NF-KB / Osteoclast differentiation factor receptor / ODFR / RANK


分子量: 24018.119 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: RAW264.7 / 遺伝子: tnfrsf11a / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: O35305

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非ポリマー , 6種, 234分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 3350, 15% PEG 5000, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M sodium tartrate, 0.05M MES pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 26472 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2582 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ME2

3me2


解像度: 2.01→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.583 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23296 1332 5.1 %RANDOM
Rwork0.19937 ---
obs0.20113 24895 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 47 221 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0661.963462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1335316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.84524.273110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04915393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.81514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.44841599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44362576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9336946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.57310886
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 87 -
Rwork0.244 1717 -
obs--94.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89-0.9613-0.80823.28871.60812.5262-0.25140.0372-0.36650.14230.09890.04020.2975-0.03580.15260.0781-0.01610.07350.0132-0.03150.13594.361-49.3681-11.9885
20.20050.431-0.13611.9272-0.2730.094-0.05380.0227-0.05490.1140.0144-0.00620.0317-0.01230.03940.0929-0.01360.01040.071-0.00760.05057.86-25.5466-6.4684
30.2096-0.21150.3271.3673-0.97180.87410.0120.03020.00990.03510.0080.01580.00960.0138-0.020.06340.0031-0.01390.05710.02350.051415.1685-5.4325-15.0604
41.2094-0.56520.78780.3954-0.50120.6484-0.0775-0.04980.00220.03390.0075-0.0651-0.053-0.01790.070.07610.0294-0.03670.04860.01280.06985.003616.6862-29.8261
52.2585-1.58541.39335.19940.57351.4496-0.22990.06210.18470.2510.1098-0.1696-0.12180.09350.12010.04020.0032-0.03260.04470.05760.134-7.00155.6244-19.1868
61.421-2.202-0.58733.44790.84020.90540.0534-0.0158-0.1124-0.14930.01010.2113-0.00790.0144-0.06350.10620.0003-0.05070.03720.00140.06085.7213-15.5892-21.3189
70.3274-0.54930.29051.7288-0.42150.26450.03420.02460.0189-0.0806-0.057-0.10050.01760.01830.02280.06020.015-0.01040.0465-0.00160.072821.4927-26.9724-14.4904
81.8891-2.0018-0.01663.3652-2.44615.0099-0.20270.0135-0.27250.0744-0.07690.20290.220.09410.27960.05150.0011-0.00240.0236-0.0070.14824.3268-44.5292-5.5946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2A90 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3A117 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4A173 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5B26 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6B90 - 116
7X-RAY DIFFRACTION7B117 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8B156 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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