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- PDB-3me1: Crystal Structure of the Desulfovibro vulgaris Urea Transporter i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3me1
タイトルCrystal Structure of the Desulfovibro vulgaris Urea Transporter in the P3(1) Space Group at 3.86
要素Urea transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / channel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


urea binding / urea channel activity / urea transmembrane transport / protein homotrimerization / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Urea transporter / Urea transporter / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Urea transporter DVU1160
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.862 Å
データ登録者Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Desulfovibro vulgaris Urea Transporter in the P3(1) Space Group at 3.86 .
著者: Levin, E.J. / Zhou, M.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urea transporter
B: Urea transporter
C: Urea transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4853
ポリマ－106,4853
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.197, 103.197, 141.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PROPROILEILEchain AAA10 - 3348 - 332
2LYSLYSILEILEchain BBB8 - 3346 - 332
3PROPROVALVALchain C and not resid 334CC10 - 258 - 23

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.474252, 0.869131, -0.140345), (-0.84776, -0.493832, -0.193475), (-0.237461, 0.027223, 0.971015)25.908501, 103.467003, 9.30734
2given(-0.494056, -0.840801, -0.221273), (0.857896, -0.512767, 0.032931), (-0.14115, -0.17356, 0.974656)102.459, 29.799101, 13.9139
詳細The biological assembly is the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Urea transporter


分子量: 35494.910 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: Hildenborough / 遺伝子: DVU_1160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72CX3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 22% PEG 1500, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→50 Å / Num. obs: 15450 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.096 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.85-3.9270.5826241.107181.4
3.92-3.997.50.7427261.182188.5
3.99-4.068.30.527511.159195.5
4.06-4.159.10.4977631.143197.6
4.15-4.249.70.397851.1731100
4.24-4.3410.40.3147681.19199.9
4.34-4.4410.90.3198351.171100
4.44-4.5611.30.2157801.1841100
4.56-4.711.50.187901.1651100
4.7-4.8511.60.1647911.1331100
4.85-5.0211.60.1397761.091100
5.02-5.2211.70.1487981.0881100
5.22-5.4611.70.1358041.127199.9
5.46-5.7511.60.1137851.1191100
5.75-6.1111.60.1157841.0611100
6.11-6.5811.60.1047761.0051100
6.58-7.2411.60.0817990.9911100
7.24-8.2811.50.0547941.002199.9
8.28-10.4211.20.0388021.0431100
10.42-5010.90.0327190.87190.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.5 Å48.48 Å
Translation4.5 Å48.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.862→34.813 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.5974 / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 44.57 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: POLYALANINE MODEL INTENDED FOR ANALYSIS OF CRYSTAL PACKING. FOR THE HIGH RESOLUTION STRUCTURE SEE 3K3F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3866 773 5.03 %
Rwork0.3206 14604 -
obs0.3239 15377 97.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 215.535 Å2 / ksol: 0.139 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 577.67 Å2 / Biso mean: 251.2757 Å2 / Biso min: 49.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.8697 Å20 Å2-0 Å2
2--18.8697 Å20 Å2
3----41.0777 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.862→34.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4673 0 0 0 4673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9456454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1272844
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1569X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
12B1569X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
13C1526X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.862-4.10370.3742960.36462247234389
4.1037-4.41990.38221340.34462470260499
4.4199-4.86370.38771380.354324902628100
4.8637-5.5650.50381370.386124882625100
5.565-7.00190.50611410.393124992640100
7.0019-34.81450.30621270.26122410253797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70792.93722.73593.09532.92252.76960.87991.4231.8999-0.83212.30282.76111.454-2.4775-0.4599-0.2205-4.2214-0.48533.49330.30842.191323.583222.0829-8.9615
22.7246-0.3228-0.90594.46681.78592.04012.1564-0.5096-0.87530.9525-1.40062.47920.3322-4.59250.5286-1.29570.04480.80813.38520.71382.041821.417331.998-1.979
34.21621.2376-0.74983.4126-0.88651.7737-0.1602-2.854-1.4180.7887-0.90080.5751-0.75660.45040.00490.14530.60750.10761.83720.51381.323833.561138.7062-4.9885
40.20620.25711.01870.10940.83075.23191.0694-0.83890.33252.06180.30871.38872.6178-5.3115-2.6608-1.4637-1.73552.0551.13362.32441.820232.697622.649610.237
52.43992.0628-2.62892.8626-2.18632.8428-0.36090.60090.1832-1.21620.1684-2.20160.9562-2.99010.02341.8058-0.37490.59750.81710.05690.913742.335619.23072.5195
66.27591.40392.4542.867-0.47051.1115-0.191-0.5717-0.4338-0.29091.13450.15120.8815-0.574-0.20490.5442-0.5919-0.1052.05360.16280.456245.004227.0615-4.8649
74.18051.92233.64881.17661.76793.73051.2825-0.03452.1151-1.14551.4601-2.19860.17470.5601-3.18930.72540.02420.64041.9654-0.69842.460574.880836.9828-1.4007
84.76582.97154.1682.0424-0.60988.21530.0526-1.1989-2.1323-4.56652.6608-1.9288-0.03281.31630.66850.8508-0.12880.66380.9747-0.2961.109665.5331.22042.9629
98.30791.70693.62297.0688-1.3984.18480.1063-2.93650.51521.572-0.6719-0.6772-2.3243-1.84460.92420.70950.1098-0.03970.6892-0.36330.413754.095637.25346.896
107.13554.3028-5.71133.4721-1.76161.93351.5929-0.76593.357-0.20242.49190.0378-3.52361.86750.39711.6803-1.42060.13581.484-0.51821.226368.256154.0078.5996
112.59-1.2351-1.40055.59372.97771.785-0.0668-2.1001-0.608-1.51460.0693-1.1357-0.74610.39610.66461.73591.02160.28451.0478-0.06910.320654.226150.46659.1233
126.0759-2.81242.5962.6009-2.86723.1567-2.5235-3.27350.4066-0.32693.3619-0.714-4.45550.0114-0.94932.2284-1.19330.78832.7252-0.30310.870563.364755.7054-12.5029
131.3324-1.299-0.98361.27280.99740.78641.0685-0.5823-0.1748-0.80391.58380.08020.0021-0.18050.63726.31223.34050.47990.61421.82863.107435.480874.3574-4.6958
146.10431.8093-2.95060.7444-0.85222.2-2.3361-0.41854.06670.05763.57391.973-2.78520.0497-1.70835.05310.7633-0.10050.63360.04782.947243.456969.7802-0.5619
152.67570.3174-2.37720.90261.07693.72451.3287-1.60311.83430.65710.98210.732-1.9166-0.45520.61742.84521.07621.05571.5252-0.59441.368643.99258.31067.197
160.93341.225-1.17712.0254-1.48521.4968-0.895-1.88921.411-1.70031.66420.8151.00810.6155-0.23443.10351.85230.31442.8374-1.09691.784124.014868.18926.6053
171.16841.2720.68511.9353-0.84444.2373-0.6109-2.8165-1.63850.48591.85651.35950.4687-0.1455-0.38321.49743.06421.24822.2636-0.26923.493222.418559.30641.4813
182.8072-1.7541.69225.051-1.59811.6363-0.6253-0.5283-0.20711.23670.94070.8947-1.8295-2.2855-0.31843.26011.72610.23851.66130.47860.926528.442353.0774-5.9343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -1:41)A-1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 42:107)A42 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 108:142)A108 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 143:209)A143 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 210:260)A210 - 260
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 261:334)A261 - 334
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:43)B1 - 43
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 44:101)B44 - 101
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 102:169)B102 - 169
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 170:266)B170 - 266
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 267:301)B267 - 301
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 302:334)B302 - 334
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 0:43)C0 - 43
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 44:94)C44 - 94
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 95:165)C95 - 165
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 168:204)C168 - 204
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 205:258)C205 - 258
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 259:334)C259 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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