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万見
- PDB-3mdb: Crystal structure of the ternary complex of full length centaurin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mdb
タイトルCrystal structure of the ternary complex of full length centaurin alpha-1, KIF13B FHA domain, and IP4
要素
  • Arf-GAP with dual PH domain-containing protein 1
  • Kinesin-like protein KIF13B
キーワードTransport Protein/Hydrolase Activator / KINESIN / GAP / GTPASE ACTIVATION / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / CYTOSKELETON / MICROTUBULE / MOTOR PROTEIN / ZINC-FINGER / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE ACTIVATOR COMPLEX / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Metal-binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / microtubule-based movement ...inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / microtubule-based movement / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / protein targeting / Nuclear signaling by ERBB4 / 14-3-3 protein binding / T cell activation / GTPase activator activity / microtubule binding / microtubule / cell surface receptor signaling pathway / axon / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / signal transduction / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADAP, PH domain 1 / ADAP, PH domain 2 / Arf GTPase activating protein / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Arf GTPase activating protein / Kinesin-like / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / Kinesin protein ...ADAP, PH domain 1 / ADAP, PH domain 2 / Arf GTPase activating protein / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Arf GTPase activating protein / Kinesin-like / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / Kinesin protein / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / ARFGAP/RecO-like zinc finger / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Annexin V; domain 1 / Tumour Suppressor Smad4 / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Kinesin motor domain superfamily / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IP9 / Arf-GAP with dual PH domain-containing protein 1 / Kinesin-like protein KIF13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.952 Å
データ登録者Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of full length centaurin alpha-1, KIF13B FHA domain, and IP4
著者: Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF13B
B: Kinesin-like protein KIF13B
C: Arf-GAP with dual PH domain-containing protein 1
D: Arf-GAP with dual PH domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,28818
ポリマ－119,3314
非ポリマー95714
水00
1
A: Kinesin-like protein KIF13B
C: Arf-GAP with dual PH domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5579
ポリマ－59,6652
非ポリマー8927
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kinesin-like protein KIF13B
D: Arf-GAP with dual PH domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7319
ポリマ－59,6652
非ポリマー657
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.797, 115.797, 189.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF13B / Kinesin-like protein GAKIN


分子量: 13969.805 Da / 分子数: 2 / 断片: Fha domain (UNP Residues 440 to 545) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF13B, GAKIN, KIAA0639 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9NQT8
#2: タンパク質 Arf-GAP with dual PH domain-containing protein 1 / Centaurin-alpha-1 / Cnt-a1 / Putative MAPK-activating protein PM25


分子量: 45695.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAP1, CENTA1 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O75689
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-IP9 / (2R)-3-{[(R)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane -1,2-diyl dioctanoate / L-a-Phosphatidyl-D-myo-inositol 3,4,5-triphosphate, dioctanoyl / [(2R)-3-[[(2S,3S,5R,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-triphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-2-octanoyloxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル3,4,5-トリスりん酸


分子量: 826.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H50O22P4
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THEIR SEQUENCE MATCHES NCBI ENTRY NP_006860.1 GI:6806913

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sample buffer: 20mM HEPES, pH 7.30, 500mM NaCl, 1mM TCEP, 5% Glycerol. Protein complex was mixed with PIP3 in 1:1 molar ratio and acetone (5%). Reservoir solution: 0.8M lithium sulfate, 0.5M ...詳細: Sample buffer: 20mM HEPES, pH 7.30, 500mM NaCl, 1mM TCEP, 5% Glycerol. Protein complex was mixed with PIP3 in 1:1 molar ratio and acetone (5%). Reservoir solution: 0.8M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate. Cryo-protectant: 2.0M lithium sulfate., vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MAR300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 27800 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Χ2: 1.302 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.95-3.0614.70.95727161.1231100
3.06-3.1814.80.69327061.1931100
3.18-3.3214.80.46427541.2241100
3.32-3.514.80.3227261.261100
3.5-3.7214.80.21527411.2551100
3.72-414.70.15827561.3031100
4-4.414.70.11827661.5261100
4.4-5.0414.60.0927961.4961100
5.04-6.3414.40.0828421.2891100
6.34-3013.60.04529971.3441100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: nearly isomorphous coordinates of PDB entry 3FM8

3fm8


解像度: 2.952→29.437 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / WRfactor Rfree: 0.248 / WRfactor Rwork: 0.205 / SU B: 18.738 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.427 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. The programs PHENIX and COOT and the PRODRG and MOLPRPOBITY servers were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 978 3.526 %thin shells
Rwork0.225 ---
obs0.227 27736 99.964 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 51.231 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.609 Å20 Å20 Å2
2--0.609 Å20 Å2
3----1.218 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.952→29.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7066 0 41 0 7107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0217291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9429911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.806311802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9745901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6723.265343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.777151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5591547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.13624540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.14321823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99437203
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8622751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.42132708
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.952-3.0280.419490.3021937199599.549
3.028-3.110.3871120.2691811192499.948
3.11-3.19900.2619091909100
3.199-3.2970.3231010.25617491850100
3.297-3.4030.342780.24917141792100
3.403-3.5210.294230.23717131736100
3.521-3.6520.313670.22116041671100
3.652-3.7990.28780.21315151593100
3.799-3.9650.255680.20615091577100
3.965-4.1540.196560.18414341490100
4.154-4.3740.245570.1813581415100
4.374-4.63300.1813831383100
4.633-4.9440.239360.18312231259100
4.944-5.3280.23760.20711311207100
5.328-5.8170.278390.2210801119100
5.817-6.4730.329290.2729841013100
6.473-7.4140.393220.257900922100
7.414-8.940.276330.217764797100
8.94-12.0970.203300.235614644100
12.097-29.4370.278240.316426450100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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