PDB-3mca: Structure of the Dom34-Hbs1 Complex and implications for its role...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mca

タイトル

Structure of the Dom34-Hbs1 Complex and implications for its role in No-Go decay

要素

Elongation factor 1 alpha-like protein
Protein dom34

キーワード

Translation regulation/HYDROLASE / protein protein complex / Translation regulation / No-Go Decay / Translation regulation-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Eukaryotic Translation Elongation / HSF1 activation / Protein methylation / Neutrophil degranulation / RNA surveillance / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / GTPase regulator activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / cytoplasmic translational termination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Chen, L. / Song, H.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Dom34-Hbs1 complex and implications for no-go decay
著者: Chen, L. / Muhlrad, D. / Hauryliuk, V. / Cheng, Z. / Lim, M.K. / Shyp, V. / Parker, R. / Song, H.

履歴

登録	2010年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mca.cif.gz	303 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mca.ent.gz	243.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1fgu-d 3dah-d 3ore-d 2q7y-d 6ojd-d 6kr6-d 5dfm-d 6mqc-d 3w5m-d 5hzg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (4) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (4) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (4) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Elongation factor 1 alpha-like protein

B: Protein dom34

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.741, 113.423, 124.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Elongation factor 1 alpha-like protein / Hbs1 分子量: 66100.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74774
#2: タンパク質	Protein dom34 分子量: 44395.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) プラスミド: PET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9USL5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.93 % / Mosaicity: 0.28 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 6% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9798 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9798 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→83.919 Å / Num. all: 34234 / Num. obs: 34234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.084 / R_sym value: 0.069 / Net I/av σ(I): 7.386 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 270895

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.6-2.64	8.1	1.065	0.933	0.8	13753	1702	0.37	1.065	0.933	2.1	100
2.64-2.69	8.1	0.912	0.801	0.9	13191	1625	0.316	0.912	0.801	2.5	100
2.69-2.74	8.1	0.786	0.689	1.1	13035	1611	0.273	0.786	0.689	2.8	100
2.74-2.79	8.1	0.643	0.562	1.3	12724	1564	0.223	0.643	0.562	3.5	100
2.79-2.85	8.1	0.508	0.447	1.7	12896	1591	0.176	0.508	0.447	4.2	100
2.85-2.91	8.1	0.462	0.404	1.9	12185	1505	0.16	0.462	0.404	4.8	100
2.91-2.97	8.1	0.362	0.318	2.4	12084	1489	0.125	0.362	0.318	6	100
2.97-3.04	8.1	0.301	0.266	2.8	12026	1485	0.105	0.301	0.266	7.1	100
3.04-3.11	8.1	0.251	0.22	3.4	11444	1418	0.087	0.251	0.22	8.5	100
3.11-3.18	8	0.196	0.172	4.4	11372	1414	0.068	0.196	0.172	10.2	99.9
3.18-3.27	8.1	0.167	0.145	5	10843	1345	0.058	0.167	0.145	11.9	100
3.27-3.36	8	0.134	0.118	6.3	10778	1343	0.047	0.134	0.118	14	100
3.36-3.45	8	0.11	0.096	7.1	10407	1295	0.038	0.11	0.096	16.5	100
3.45-3.56	8	0.091	0.078	9.2	10086	1263	0.032	0.091	0.078	18.7	100
3.56-3.68	7.9	0.082	0.07	10.2	9783	1232	0.029	0.082	0.07	20.2	100
3.68-3.81	8	0.07	0.059	11.9	9541	1193	0.024	0.07	0.059	22.3	99.9
3.81-3.95	8	0.063	0.053	12.8	8952	1125	0.022	0.063	0.053	23.9	100
3.95-4.11	7.9	0.056	0.048	13.7	8755	1105	0.02	0.056	0.048	25.8	100
4.11-4.29	7.8	0.055	0.047	13.4	8502	1086	0.019	0.055	0.047	27.8	100
4.29-4.5	7.8	0.06	0.051	11.9	7916	1012	0.021	0.06	0.051	30.5	100
4.5-4.75	7.8	0.07	0.06	9.2	7617	979	0.025	0.07	0.06	34.2	100
4.75-5.03	7.7	0.08	0.067	7.7	7060	917	0.029	0.08	0.067	35.9	100
5.03-5.38	7.6	0.079	0.065	8.1	6598	871	0.029	0.079	0.065	38	100
5.38-5.81	7.4	0.074	0.06	9.8	6061	816	0.027	0.074	0.06	41.3	99.7
5.81-6.37	7.3	0.062	0.046	12.8	5499	758	0.023	0.062	0.046	48.5	99.6
6.37-7.12	6.6	0.053	0.033	18	4513	679	0.02	0.053	0.033	52.9	99.2
7.12-8.22	7.8	0.051	0.033	17	4692	604	0.018	0.051	0.033	61.9	100
8.22-10.07	7.6	0.04	0.028	19.1	4068	535	0.014	0.04	0.028	64.3	100
10.07-14.24	7.2	0.043	0.029	18.5	3059	425	0.016	0.043	0.029	60.9	99.3
14.24-113.423	5.9	0.042	0.028	20.7	1455	247	0.016	0.042	0.028	49.2	95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.74→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 31.08 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.802 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	1460	5 %	RANDOM
R_work	0.2467	27715	-	-
obs	0.2486	29175	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.29 Å² / B_iso mean: 66.9494 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.72 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5685	0	0	168	5853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5785
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.493	1.963	7824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.892	5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.67	24.091	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.287	15	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.478	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.432	1.5	3567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.819	2	5783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.106	3	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.933	4.5	2041

LS精密化シェル

解像度: 2.74→2.81 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	99	-
R_work	0.38	1996	-
all	-	2095	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6033	-1.0222	-0.3053	1.5334	0.0902	0.5826	0.129	-0.036	0.194	-0.1515	-0.0554	-0.332	-0.0095	0.1645	-0.0735	0.0556	-0.0081	0.0395	0.0841	0.0367	0.1455	43.784	-9.3664	-5.7946
2	0.8261	-0.2002	0.2709	2.46	-1.1017	2.6582	0.0186	0.0616	0.24	-0.0345	0.053	0.3972	-0.447	-0.4485	-0.0716	0.1231	0.0629	0.0016	0.171	0.028	0.2087	6.1514	6.0244	-1.3181

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	155 - 592
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 379

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関連情報:EMDBヘッダ

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