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- PDB-3mc9: POTRA1-2 of the periplasmic domain of Omp85 from Anabaena -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mc9
タイトルPOTRA1-2 of the periplasmic domain of Omp85 from Anabaena
要素Alr2269 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Polypeptide transport associated / POTRA / outer bacterial membrane / protein membrane transport / beta barrel biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Koenig, P. / Schleiff, E. / Sinning, I. / Tews, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Conserved properties of polypeptide transport-associated (POTRA) domains derived from cyanobacterial Omp85.
著者: Koenig, P. / Mirus, O. / Haarmann, R. / Sommer, M.S. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I.
履歴
登録2010年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr2269 protein
B: Alr2269 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4452
ポリマ－69,4452
非ポリマー00
水2,756153
1
A: Alr2269 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7231
ポリマ－34,7231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alr2269 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7231
ポリマ－34,7231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.366, 108.366, 60.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Alr2269 protein


分子量: 34722.551 Da / 分子数: 2 / 断片: Periplasmic POTRA domains (Residues 161-467) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr2269 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YUR6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION CONTAINED AMINO-ACIDS AS GIVEN IN DBREF. THIS PROTEIN LIKELY ...THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION CONTAINED AMINO-ACIDS AS GIVEN IN DBREF. THIS PROTEIN LIKELY DEGRADED TO A TRUNCATED SPECIES DURING THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENT. THEREFORE, CALCULATED VM AND VS VALUES ARE BASED ON AN ESTIMATE. THE AUTHORS ASSUMED RESIDUES 161 TO 281 TO BE PRESENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M calcium chloride, 20 % PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日 / 詳細: SINGLE SILICON (111) MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SINGLE SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 23906 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.13 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 12.606 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION CONTAINED AMINO-ACIDS AS GIVEN IN DBREF. THIS PROTEIN LIKELY DEGRADED TO A TRUNCATED SPECIES DURING THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION CONTAINED AMINO-ACIDS AS GIVEN IN DBREF. THIS PROTEIN LIKELY DEGRADED TO A TRUNCATED SPECIES DURING THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENT. THEREFORE, CALCULATED VM AND VS VALUES ARE BASED ON AN ESTIMATE. THE AUTHORS ASSUMED RESIDUES 161 TO 281 TO BE PRESENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1056 5.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 19600 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å2-0.52 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2511 0 0 153 2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9753480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1134174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0455323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.88325.5120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.97215422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1331518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5831.51628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0981.5649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14422668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8433922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3334.5812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 80 -
Rwork0.224 1477 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.40221.28210.58932.24060.56470.8989-0.03640.0254-0.0708-0.03840.0334-0.1557-0.0124-0.01920.0030.0252-0.0111-0.00450.0062-0.00040.145147.953815.0815-7.7063
25.64810.9166-1.89561.424-0.34792.2828-0.25390.1554-0.18470.02320.2267-0.24430.1608-0.13920.02720.075-0.0127-0.0150.0762-0.05250.054525.1852-5.7911-13.0622
32.97320.29441.15811.2008-0.22951.19110.04720.0409-0.1803-0.04180.0164-0.1469-0.0676-0.0657-0.06370.12530.00150.01580.0762-0.01090.028817.1824-3.32597.7313
43.68071.632-0.57173.3769-1.95821.8789-0.054-0.1307-0.0992-0.0884-0.1493-0.1879-0.0010.11670.20330.0529-0.0135-0.04940.01810.02280.081447.41845.839212.5838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A217 - 296
2X-RAY DIFFRACTION2A297 - 381
3X-RAY DIFFRACTION3B217 - 296
4X-RAY DIFFRACTION4B297 - 381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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