+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3maz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Human BRDG1/STAP-1 SH2 Domain in Complex with the NTAL pTyr136 Peptide | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / modular domain / phosphotyrosine (チロシン) / specificity / Cytoplasm (細胞質) / Phosphoprotein / SH2 domain (SH2ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of microglial cell migration / mast cell granule / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / negative regulation of ruffle assembly / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of phagocytosis, engulfment / negative regulation of phosphorylation ...negative regulation of microglial cell migration / mast cell granule / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / negative regulation of ruffle assembly / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of phagocytosis, engulfment / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of macrophage chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / mast cell degranulation / B cell activation / protein tyrosine kinase activator activity / Fc-epsilon receptor signaling pathway / centriolar satellite / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / signaling adaptor activity / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / calcium-mediated signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / phospholipid binding / 獲得免疫系 / cellular response to lipopolysaccharide / membrane => GO:0016020 / intracellular signal transduction / 脂質ラフト / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kaneko, T. / Huang, H. / Zhao, B. / Li, L. / Liu, H. / Voss, C.K. / Wu, C. / Schiller, M.R. / Li, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2010 タイトル: Loops govern SH2 domain specificity by controlling access to binding pockets. 著者: Kaneko, T. / Huang, H. / Zhao, B. / Li, L. / Liu, H. / Voss, C.K. / Wu, C. / Schiller, M.R. / Li, S.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3maz.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3maz.ent.gz | 25.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3maz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/3maz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/3maz | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14180.105 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 167-285, SH2 domain / 変異: C269A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAP1, BRDG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULZ2 |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1300.355 Da / 分子数: 1 / 変異: C142A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: Q9GZY6 |
#3: 化合物 | ChemComp-MLI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月10日 |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→24.3 Å / Num. all: 12591 / Num. obs: 12585 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1BMB 1H9O 1I3Z 1KC2 解像度: 1.9→24.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1413652.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2015 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.27 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|