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- PDB-3may: Crystal structure of a secreted Mycobacterium tuberculosis heme-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3may
タイトルCrystal structure of a secreted Mycobacterium tuberculosis heme-binding protein
要素POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
キーワードheme-binding protein / helical protein
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transport / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Haemophore, haem-binding domain / Hemophore Rv0203 / Haemophore, haem-binding / Haemophore, haem-binding domain superfamily / Haemophore, haem-binding / F1FO ATP Synthase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Haemophore haem-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Goulding, C.W. / Chim, N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Discovery and characterization of a unique mycobacterial heme acquisition system.
著者: Tullius, M.V. / Harmston, C.A. / Owens, C.P. / Chim, N. / Morse, R.P. / McMath, L.M. / Iniguez, A. / Kimmey, J.M. / Sawaya, M.R. / Whitelegge, J.P. / Horwitz, M.A. / Goulding, C.W.
履歴
登録2010年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
B: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
C: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
D: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
E: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
G: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
F: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
H: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2788
ポリマ－83,2788
非ポリマー00
水1,00956
1
A: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
B: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
C: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
D: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6394
ポリマ－41,6394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
2
E: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
G: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
F: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN
H: POSSIBLE EXPORTED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6394
ポリマ－41,6394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.671, 72.671, 173.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
POSSIBLE EXPORTED PROTEIN / Rv0203


分子量: 10409.718 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 36-136 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT0213, Rv0203 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53654
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9792, 0.9795, 1.04
検出器日付: 2002年6月15日
放射モノクロメーター: Si III channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97951
31.041
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.51
11-H, K, -L20.49
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 31089 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 31.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→72.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 17.594 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 1595 5.2 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs0.19776 29261 99.49 %-
all-30856 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.279 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20 Å20 Å2
2--1.69 Å20 Å2
3----3.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→72.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5323 0 0 56 5379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0215410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9791.9727367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7565735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.08626.211190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.34515869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6241516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4451.53701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35725922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.92731709
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9874.51445
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.29635278
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 138 -
Rwork0.193 2037 -
obs--95.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3517-1.2084-1.18411.34590.12183.3512-0.0605-0.2756-0.1956-0.12040.11870.12030.2090.1041-0.05820.2239-0.09040.02720.22650.06040.345111.51710.09913.724
22.6797-0.5741-3.14190.22241.06485.6336-0.2506-0.0993-0.2568-0.03220.10310.0374-0.07130.09860.14750.1894-0.02820.00550.30920.0420.3233-2.90815.0422.574
31.6367-0.35731.22850.9946-0.36265.3294-0.4083-0.05580.28620.02410.2728-0.3699-0.2376-0.04250.13550.1272-0.0312-0.01660.1722-0.04170.3937-10.951-8.85723.213
42.85350.04162.39932.3534-0.747.0565-0.03090.43570.18880.01980.0112-0.2260.14830.51060.01970.05570.05220.03780.2553-0.00590.34181.717-13.69631.004
52.91590.5927-3.34950.3206-0.20444.9997-0.19540.1344-0.2576-0.110.083-0.11890.0056-0.06340.11240.22770.04560.05140.2397-0.0080.332339.19251.37331.396
62.77360.9757-1.61620.7777-0.19254.743-0.18430.2934-0.28970.17560.19-0.06770.2627-0.0354-0.00570.16510.07750.02280.2063-0.03540.339824.79146.4640.267
71.018-1.35241.39472.4687-0.56624.3959-0.1553-0.12040.02910.18140.1154-0.0188-0.1952-0.22660.03990.2039-0.0135-0.00770.242-0.00520.387347.15527.45530.834
83.3794-0.73582.05961.04850.49576.1409-0.0345-0.38470.11270.0311-0.07480.23550.0379-0.550.10930.0852-0.05560.00940.26860.03030.383134.19921.80322.592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2B40 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3C38 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4D40 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5E38 - 131
6X-RAY DIFFRACTION6F40 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7G39 - 135
8X-RAY DIFFRACTION8H38 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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