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万見
- PDB-3ma6: Crystal structure of kinase domain of TgCDPK1 in presence of 3BrB-PP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ma6
タイトルCrystal structure of kinase domain of TgCDPK1 in presence of 3BrB-PP1
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / CDPK / parasitology / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXR / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Qiu, W. / Amani, M. / Artz, J.D. / Hassani, A.A. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Sibley, L.D. / Lourido, S. / Shokat, K. ...Wernimont, A.K. / Qiu, W. / Amani, M. / Artz, J.D. / Hassani, A.A. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Sibley, L.D. / Lourido, S. / Shokat, K. / Zhang, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Lin, Y.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of kinase domain of TgCDPK1 in presence of 3BrB-PP1
著者: Wernimont, A.K. / Qiu, W. / Amani, M. / Artz, J.D. / Hassani, A.A. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Sibley, L.D. / Lourido, S. / Shokat, K. / Zhang, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / ...著者: Wernimont, A.K. / Qiu, W. / Amani, M. / Artz, J.D. / Hassani, A.A. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Sibley, L.D. / Lourido, S. / Shokat, K. / Zhang, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Lin, Y.H.
履歴
登録2010年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
B: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8704
ポリマ－69,1502
非ポリマー7212
水1,36976
1
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9352
ポリマ－34,5751
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9352
ポリマ－34,5751
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.329, 145.923, 52.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1


分子量: 34574.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1, TGME49_101440 / プラスミド: PET15MLH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BJF5
#2: 化合物 ChemComp-DXR / 3-(3-bromobenzyl)-1-tert-butyl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / 1-tert-ブチル-3-(3-ブロモベンジル)-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-4-アミン


分子量: 360.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18BrN5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Formate, 15% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 25619 / Num. obs: 25594 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.052 / Χ2: 1.812 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1272 / Rsym value: 0.626 / Χ2: 2.328 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.82 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.46 Å
Translation2.5 Å48.46 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→34.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1293 5.08 %RANDOM
Rwork0.255 ---
all0.257 25628 --
obs0.257 25472 99.39 %-
原子変位パラメータBiso max: 189.01 Å2 / Biso mean: 71.798 Å2 / Biso min: 23.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.817 Å20 Å2-1.057 Å2
2---3.906 Å20 Å2
3---2.089 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.534 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4063 0 38 76 4177
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 137 4.86 %
Rwork0.335 2681 -
all0.336 2818 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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