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万見
- PDB-3m9i: Electron crystallographic structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m9i
タイトルElectron crystallographic structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (lens MIP) in E. coli polar lipids
要素Lens fiber major intrinsic protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / water channel / lens / lipid-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of lens transparency / cell adhesion mediator activity / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction / visual perception ...maintenance of lens transparency / cell adhesion mediator activity / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction / visual perception / calmodulin binding / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Lens fiber major intrinsic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hite, R.K. / Li, Z. / Walz, T.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2010
タイトル: Principles of membrane protein interactions with annular lipids deduced from aquaporin-0 2D crystals.
著者: Richard K Hite / Zongli Li / Thomas Walz /
要旨: We have previously described the interactions of aquaporin-0 (AQP0) with dimyristoyl phosphatidylcholine (DMPC) lipids. We have now determined the 2.5 A structure of AQP0 in two-dimensional (2D) ...We have previously described the interactions of aquaporin-0 (AQP0) with dimyristoyl phosphatidylcholine (DMPC) lipids. We have now determined the 2.5 A structure of AQP0 in two-dimensional (2D) crystals formed with Escherichia coli polar lipids (EPLs), which differ from DMPC both in headgroups and acyl chains. Comparison of the two structures shows that AQP0 does not adapt to the different length of the acyl chains in EPLs and that the distance between the phosphodiester groups in the two leaflets of the DMPC and EPL bilayers is almost identical. The EPL headgroups interact differently with AQP0 than do those of DMPC, but the acyl chains in the EPL and DMPC bilayers occupy similar positions. The interactions of annular lipids with membrane proteins seem to be driven by the propensity of the acyl chains to fill gaps in the protein surface. Interactions of the lipid headgroups may be responsible for the specific interactions found in tightly bound lipids but seem to have a negligible effect on interactions of generic annular lipids with membrane proteins.
履歴
登録2010年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Data collection / Data processing / Refinement description
カテゴリ: em_3d_reconstruction / em_image_scans / software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
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  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lens fiber major intrinsic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7518
ポリマ－23,5141
非ポリマー5,2367
水1448
1
A: Lens fiber major intrinsic protein
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,00764
ポリマ－188,1168
非ポリマー41,89256
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area55130 Å2
ΔGint-546 kcal/mol
Surface area71290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.500, 65.500, 200.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
詳細The octamer can be generated by applying P422 symmetry.

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要素

#1: タンパク質 Lens fiber major intrinsic protein / Aquaporin-0


分子量: 23514.447 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7 to 226 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: Q6J8I9
#2: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 281
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: lens Aquaporin 0 / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Purified membranes were solubilized in 4% (w/v) octyl glucoside in 10 mM Tris (pH 8.0) for 30 min at 22C
結晶化温度: 300 K / 手法: microdialysis / pH: 6
詳細: 100 mM NaCl, 50mM MgCl2, 10mM MES pH 6.0, MICRODIALYSIS, temperature 300K

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
回折平均測定温度: 279 K
放射光源由来: ELECTRON MICROSCOPE / タイプ: OTHER
検出器タイプ: Gatan / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日
反射解像度: 2.5→15.89 Å / Num. all: 14417 / Num. obs: 14417 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.226 / Rsym value: 0.189
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique all: 1935 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GatanDigital Micrographデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B6O

2b6o


解像度: 2.5→15.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2341911.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1453 10.2 %RANDOM
Rwork0.25 ---
all0.25 14254 --
obs0.25 14254 89.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.0682 Å2 / ksol: 0.1 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.84 Å20 Å20 Å2
2---9.84 Å20 Å2
3---19.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1668 0 273 8 1949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYc_bond_d0.008
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYc_angle_deg1.8
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYc_dihedral_angle_d19.7
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYc_improper_angle_d5.98
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 210 9.8 %
Rwork0.377 1935 -
obs--83.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY1protein_rep.paramprotein.top
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY2water_rep.paramwater.top
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY33pe.param3pe_lipid.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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