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- PDB-3m9e: Thyroid hormone beta DNA binding domain homodimer with inverted p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m9e
タイトルThyroid hormone beta DNA binding domain homodimer with inverted palindrome TRE
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
  • Thyroid hormone receptor beta
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of triglyceride metabolic process / retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / positive regulation of chondrocyte differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / thyroid hormone receptor signaling pathway ...regulation of triglyceride metabolic process / retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / positive regulation of chondrocyte differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of ossification / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of cholesterol metabolic process / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / regulation of lipid metabolic process / embryonic organ development / retinoic acid receptor signaling pathway / animal organ morphogenesis / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / sensory perception of sound / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Thyroid hormone receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Thyroid hormone receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å
データ登録者Chen, Y.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2010
タイトル: Structure of a thyroid hormone receptor DNA-binding domain homodimer bound to an inverted palindrome DNA response element.
著者: Chen, Y. / Young, M.A.
履歴
登録2010年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor beta
B: Thyroid hormone receptor beta
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
E: Thyroid hormone receptor beta
F: Thyroid hormone receptor beta
G: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,86216
ポリマ－76,3398
非ポリマー5238
水4,179232
1
A: Thyroid hormone receptor beta
B: Thyroid hormone receptor beta
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4318
ポリマ－38,1704
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
2
E: Thyroid hormone receptor beta
F: Thyroid hormone receptor beta
G: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4318
ポリマ－38,1704
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.738, 83.468, 75.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thyroid hormone receptor beta / c-erbA-beta / c-erbA-2 / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 2


分子量: 12333.387 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA binding domain (UNP residues 104 to 206) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Erba2, Nr1a2, ROD, Thrb / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Rossetta2) / 参照: UniProt: P18113
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6751.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The sequence is idealized
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.05M Bis-Tris, 5mM MgCl2, 2uM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.2 Å / Num. all: 35442 / Num. obs: 34766 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NLL

2nll


解像度: 2.406→42.182 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 1767 5.08 %RANDOM
Rwork0.1794 ---
all0.1902 35442 --
obs0.1819 34766 98.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.332 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.406→42.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3265 1788 8 232 5293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3087560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.6762182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.406-2.4710.31381220.28112346X-RAY DIFFRACTION91
2.471-2.54380.29821400.2582469X-RAY DIFFRACTION96
2.5438-2.62580.28311290.24182499X-RAY DIFFRACTION97
2.6258-2.71970.30781470.22362511X-RAY DIFFRACTION98
2.7197-2.82860.28191480.23242525X-RAY DIFFRACTION99
2.8286-2.95730.29691340.21922530X-RAY DIFFRACTION99
2.9573-3.11310.25631340.2232572X-RAY DIFFRACTION99
3.1131-3.30810.29861370.19192549X-RAY DIFFRACTION98
3.3081-3.56340.20451730.17472500X-RAY DIFFRACTION99
3.5634-3.92180.20251300.15372600X-RAY DIFFRACTION100
3.9218-4.48870.18541240.14282612X-RAY DIFFRACTION100
4.4887-5.65310.18621280.14262617X-RAY DIFFRACTION100
5.6531-42.18840.18131210.14172669X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined2.2781-0.46640.28260.4519-1.04651.34050.164-0.3048-0.4288-0.04990.29770.32040.0678-0.1882-0.39730.259-0.0451-0.0770.33030.16420.483231.6659.358248.1412
23.9923-1.22621.65050.4766-0.92863.1980.403-0.0033-0.1652-0.17191.00591.0818-0.1829-0.9419-0.74970.23380.09140.15750.4490.36810.6311
34.87350.29651.10340.91891.43342.3328-0.90620.0360.13320.20350.07031.46751.43130.87140.66471.46640.1370.16621.24670.60291.6403
44.06590.28750.14821.5483-0.15710.0429-0.1142-0.07810.339-0.09020.20290.02670.0483-0.079-0.01750.1819-0.0099-0.02880.1659-0.02530.0829
54.6268-2.8711-1.09732.88822.32263.00590.4227-0.61491.5662-0.3447-0.2106-1.5322-0.71720.2497-0.35230.3537-0.04340.07890.223-0.26130.78
64.88013.656-0.22715.94840.89020.387-0.02220.38150.15881.1042-0.8683-0.0047-0.07830.00580.78281.2983-0.26020.23831.23180.26671.7796
74.78461.3459-0.63592.5771-0.39291.0364-0.15231.21342.4643-0.02710.53420.1207-0.0906-0.1253-0.40310.2801-0.08410.03690.49970.32620.9042
84.6046-0.8291-0.21363.1381-1.1520.3682-0.4095-0.10590.85730.54940.72060.2964-0.3434-0.2902-0.32630.24470.06780.04610.32080.12980.5186
94.8514-0.43641.06134.1407-0.51250.7735-0.26650.25191.40870.27070.4291-0.1909-0.1527-0.3892-0.13050.20280.09670.04530.36530.18580.4931
108.87811.00740.90140.35180.3434-0.0178-0.79520.92282.1644-0.34710.62540.0576-0.0913-0.37490.06530.2514-0.10920.0350.4170.28530.8494
112.0088-0.8571-0.05471.37620.68391.68740.0112-0.2439-0.32750.05420.2820.25230.08150.2641-0.21590.2192-0.03350.02130.3532-0.04180.2681
123.6048-0.8503-0.32721.8950.13461.5360.24610.71170.1468-0.11330.1270.00580.2150.1044-0.24240.3016-0.0195-0.0350.3852-0.16460.2187
135.92132.322-0.0643.7411-1.98391.36810.4471-0.1618-1.0965-0.9886-0.7947-0.2986-0.0307-0.14250.1870.90770.4187-0.37480.794-0.41120.9696
145.34480.7441-0.63690.8125-0.44310.78820.1340.21280.41690.0753-0.01580.38650.0211-0.0267-0.11960.22930.02170.0460.2392-0.01920.4465
152.2488-0.23560.05943.1854-2.89642.6958-0.4330.37290.077-1.08-1.2641-1.9465-0.4036-0.01271.63330.6534-0.04190.04790.32610.12430.8281
167.1953-0.84421.32870.1433-0.38352.2691-0.0552-0.6832-0.5334-0.0761-0.56760.31890.10090.02210.25491.1636-0.24810.16440.6125-0.02391.2489
170.54210.23860.22654.7506-1.24520.9619-0.26320.8615-1.0118-0.06110.47320.12840.11540.0447-0.18740.2929-0.06860.02950.4657-0.12370.5973
185.8878-2.83370.07891.88790.59211.0348-0.26870.1666-1.4010.60460.64770.58370.45660.3585-0.28730.37150.0711-0.01580.381-0.14620.8532
194.5338-3.09261.31245.4150.80961.84650.01460.5756-1.80740.32280.34130.71940.20560.43-0.41850.20320.0757-0.02390.3529-0.15350.4945
205.115-0.3924-0.41681.082-0.21090.1971-0.67450.37-0.9302-0.53530.44040.2771-0.0077-0.18270.16160.2652-0.1376-0.00930.4323-0.18450.5414
精密化 TLSグループSelection details: chain H and resid 12:22)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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