PDB-3m9d: Crystal structure of the prokaryotic ubiquintin-like protein Pup ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m9d

タイトル

Crystal structure of the prokaryotic ubiquintin-like protein Pup complexed with the hexameric proteasomal ATPase Mpa which includes the amino terminal coiled coil domain and the inter domain

要素

Prokaryotic ubiquitin-like protein pup
Proteasome-associated ATPase

キーワード

CHAPERONE / alpha helix coil coil / 5 beta-strand barrel / ATP-binding / Nucleotide-binding / Proteasome / S-nitrosylation / Virulence / Isopeptide bond / Ubl conjugation pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin-like protein reader activity / symbiont defense to host-produced reactive oxygen species / protein pupylation / proteasome-activating nucleotidase complex / response to nitrosative stress / symbiont-mediated perturbation of host defenses / cell wall / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / ATP-dependent peptidase activity / proteasome binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 4.5 Å

データ登録者

Li, H. / Wang, T.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Binding-induced folding of prokaryotic ubiquitin-like protein on the Mycobacterium proteasomal ATPase targets substrates for degradation.
著者: Wang, T. / Darwin, K.H. / Li, H.

履歴

登録	2010年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	3m91C 3m9bC 3m9hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m9b-2 3m9b-1 22301 8629 8631 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Proteasome-associated ATPase

B: Proteasome-associated ATPase

C: Proteasome-associated ATPase

D: Proteasome-associated ATPase

E: Proteasome-associated ATPase

F: Proteasome-associated ATPase

G: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

H: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

I: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

J: Proteasome-associated ATPase

K: Proteasome-associated ATPase

L: Proteasome-associated ATPase

M: Proteasome-associated ATPase

N: Proteasome-associated ATPase

O: Proteasome-associated ATPase

P: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

Q: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

R: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

374 kDa, 18 ポリマー
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1

A: Proteasome-associated ATPase

B: Proteasome-associated ATPase

C: Proteasome-associated ATPase

D: Proteasome-associated ATPase

E: Proteasome-associated ATPase

F: Proteasome-associated ATPase

G: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

H: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

I: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

登録者が定義した集合体
187 kDa, 9 ポリマー
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2

J: Proteasome-associated ATPase

K: Proteasome-associated ATPase

L: Proteasome-associated ATPase

M: Proteasome-associated ATPase

N: Proteasome-associated ATPase

O: Proteasome-associated ATPase

P: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

Q: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

R: Prokaryotic ubiquitin-like protein pup

登録者が定義した集合体
187 kDa, 9 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.580, 176.960, 176.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	98 - 237	98 - 237
2	1	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	98 - 237	98 - 237
3	1	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	98 - 237	98 - 237
4	1	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	98 - 237	98 - 237
5	1	PRO	PRO	PRO	PRO	E	E	98 - 237	98 - 237
6	1	PRO	PRO	PRO	PRO	F	F	98 - 237	98 - 237
1	2	SER	SER	PRO	PRO	A	A	52 - 97	52 - 97
2	2	SER	SER	PRO	PRO	C	C	52 - 97	52 - 97
3	2	SER	SER	PRO	PRO	E	E	52 - 97	52 - 97
1	3	SER	SER	PRO	PRO	B	B	52 - 97	52 - 97
2	3	SER	SER	PRO	PRO	D	D	52 - 97	52 - 97
3	3	SER	SER	PRO	PRO	F	F	52 - 97	52 - 97
1	4	SER	SER	ALA	ALA	G	G	21 - 51	25 - 55
2	4	SER	SER	ALA	ALA	H	H	21 - 51	25 - 55
3	4	SER	SER	ALA	ALA	I	I	21 - 51	25 - 55
1	5	PRO	PRO	PRO	PRO	J	J	98 - 237	98 - 237
2	5	PRO	PRO	PRO	PRO	K	K	98 - 237	98 - 237
3	5	PRO	PRO	PRO	PRO	L	L	98 - 237	98 - 237
4	5	PRO	PRO	PRO	PRO	M	M	98 - 237	98 - 237
5	5	PRO	PRO	PRO	PRO	N	N	98 - 237	98 - 237
6	5	PRO	PRO	PRO	PRO	O	O	98 - 237	98 - 237
1	6	SER	SER	PRO	PRO	J	J	52 - 97	52 - 97
2	6	SER	SER	PRO	PRO	L	L	52 - 97	52 - 97
3	6	SER	SER	PRO	PRO	N	N	52 - 97	52 - 97
1	7	SER	SER	PRO	PRO	K	K	52 - 97	52 - 97
2	7	SER	SER	PRO	PRO	M	M	52 - 97	52 - 97
3	7	SER	SER	PRO	PRO	O	O	52 - 97	52 - 97
1	8	SER	SER	ALA	ALA	P	P	21 - 51	25 - 55
2	8	SER	SER	ALA	ALA	Q	Q	21 - 51	25 - 55
3	8	SER	SER	ALA	ALA	R	R	21 - 51	25 - 55

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

#1: タンパク質	Proteasome-associated ATPase / AAA ATPase forming ring-shaped complexes / ARC / Mycobacterial proteasome ATPase 分子量: 27491.785 Da / 分子数: 12 / 断片: Coil Coil inter domain (UNP residues: 1-234) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IPTG inducible expression 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mpa, MT2175 / プラスミド: pET-24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P63345, UniProt: P9WQN5*PLUS
#2: タンパク質	Prokaryotic ubiquitin-like protein pup / Bacterial ubiquitin-like modifier 分子量: 7365.744 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IPTG inducible expression 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pup, MT2171 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O33246, UniProt: P9WHN5*PLUS

#1: タンパク質

Proteasome-associated ATPase / AAA ATPase forming ring-shaped complexes / ARC / Mycobacterial proteasome ATPase

分子量: 27491.785 Da / 分子数: 12 / 断片: Coil Coil inter domain (UNP residues: 1-234) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IPTG inducible expression
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mpa, MT2175 / プラスミド: pET-24b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P63345, UniProt: P9WQN5*PLUS

#2: タンパク質

Prokaryotic ubiquitin-like protein pup / Bacterial ubiquitin-like modifier

分子量: 7365.744 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IPTG inducible expression
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pup, MT2171 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O33246, UniProt: P9WHN5*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30%v/v Tacsimate (1.8305 M Malonic acid, 0.25 M Ammonium citrate tribasic, 0.12 M Succinic acid, 0.3 M DL-Malic acid, 0.4 M Sodium acetate trihydrate, 0.5 M Sodium formate, 0.16 M Ammonium ...詳細: 30%v/v Tacsimate (1.8305 M Malonic acid, 0.25 M Ammonium citrate tribasic, 0.12 M Succinic acid, 0.3 M DL-Malic acid, 0.4 M Sodium acetate trihydrate, 0.5 M Sodium formate, 0.16 M Ammonium tartrate dibasic), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 7.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.3 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30%v/v Tacsimate (1.8305 M Malonic acid, 0.25 M Ammonium citrate tribasic, 0.12 M Succinic acid, 0.3 M DL-Malic acid, 0.4 M Sodium acetate trihydrate, 0.5 M Sodium formate, 0.16 M Ammonium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月23日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.5→25 Å / Num. obs: 78737 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.095
反射シェル	解像度: 4.5→4.61 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 4.5→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 117.604 / SU ML: 0.638 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.693 / ESU R Free: 0.701 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29208	3428	5 %	RANDOM
R_work	0.26389	-	-	-
obs	0.26534	65041	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 153.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	-0 Å²	-0.49 Å²
2-	-	-0.56 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.5→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18636	0	0	0	18636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	18882
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.85	1.996	25614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.51	5	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.925	24.133	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.992	15	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.449	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	14304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	560	TIGHT POSITIONAL	0.49	0.05
1	2	B	560	TIGHT POSITIONAL	0.52	0.05
1	3	C	560	TIGHT POSITIONAL	0.51	0.05
1	4	D	560	TIGHT POSITIONAL	0.5	0.05
1	5	E	560	TIGHT POSITIONAL	0.54	0.05
1	6	F	560	TIGHT POSITIONAL	0.51	0.05
1	1	A	504	MEDIUM POSITIONAL	0.88	0.5
1	2	B	504	MEDIUM POSITIONAL	0.92	0.5
1	3	C	504	MEDIUM POSITIONAL	0.88	0.5
1	4	D	504	MEDIUM POSITIONAL	0.87	0.5
1	5	E	504	MEDIUM POSITIONAL	0.87	0.5
1	6	F	504	MEDIUM POSITIONAL	0.89	0.5
2	1	A	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	2	C	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	3	E	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	1	A	184	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	2	C	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
2	3	E	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
3	1	B	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	2	D	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	3	F	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	1	B	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
3	2	D	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
3	3	F	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
4	1	G	124	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	2	H	124	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
4	3	I	124	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
4	1	G	120	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
4	2	H	120	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
4	3	I	120	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
5	1	J	560	TIGHT POSITIONAL	0.49	0.05
5	2	K	560	TIGHT POSITIONAL	0.49	0.05
5	3	L	560	TIGHT POSITIONAL	0.51	0.05
5	4	M	560	TIGHT POSITIONAL	0.5	0.05
5	5	N	560	TIGHT POSITIONAL	0.46	0.05
5	6	O	560	TIGHT POSITIONAL	0.5	0.05
5	1	J	504	MEDIUM POSITIONAL	0.83	0.5
5	2	K	504	MEDIUM POSITIONAL	0.91	0.5
5	3	L	504	MEDIUM POSITIONAL	0.8	0.5
5	4	M	504	MEDIUM POSITIONAL	0.82	0.5
5	5	N	504	MEDIUM POSITIONAL	0.8	0.5
5	6	O	504	MEDIUM POSITIONAL	0.86	0.5
6	1	J	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	2	L	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	3	N	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	1	J	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
6	2	L	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
6	3	N	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
7	1	K	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	2	M	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	3	O	184	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	1	K	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
7	2	M	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
7	3	O	184	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
8	1	P	124	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	2	Q	124	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	3	R	124	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
8	1	P	120	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
8	2	Q	120	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
8	3	R	120	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2044	0.6627	-0.3471	5.2602	-2.7137	1.5105	-0.0789	0.1248	0.0579	-0.157	0.0045	-0.2298	0.052	0.0788	0.0744	0.2085	-0.1506	0.0956	0.2261	0.0117	0.1656	-5.871	-532.9438	2.0101
2	0.7798	-0.9108	0.4775	4.1266	-3.842	4.1643	-0.0557	-0.0041	0.1541	0.0729	-0.038	-0.1107	-0.1871	0.1362	0.0937	0.156	-0.1361	0.0791	0.1299	-0.1114	0.2045	-2.3488	-517.8216	11.7138
3	1.7847	0.3584	3.0233	0.2076	0.5811	5.5428	0.0502	-0.0199	-0.0395	-0.0708	-0.0978	0.1124	0.2849	-0.0836	0.0477	0.2159	-0.0825	0.0319	0.1884	-0.1527	0.1816	-42.0942	-551.8351	19.4351
4	4.4337	-0.5578	3.9401	0.8435	-1.0714	4.1847	0.0685	0.236	-0.1141	-0.0821	-0.0622	0.0192	0.0289	0.0965	-0.0063	0.2339	-0.073	0.1061	0.1726	-0.1446	0.1318	-32.3714	-555.4275	4.3573
5	5.9619	-2.9126	-0.4425	1.6013	0.253	0.1604	0.0572	-0.2271	0.2319	0.0513	0.0196	-0.0869	-0.1232	-0.0802	-0.0768	0.2252	-0.0089	0.1436	0.1984	-0.0893	0.1591	-24.7008	-515.4948	38.2772
6	4.0037	-3.5513	0.9145	3.8073	-0.4823	0.7329	-0.0234	-0.0058	-0.0643	0.1489	0.0368	0.2305	-0.0033	-0.1144	-0.0133	0.1489	-0.1139	0.1453	0.2177	-0.0796	0.1508	-39.795	-525.2593	41.7798
7	16.909	19.8365	-27.8942	28.2442	-37.9158	54.2346	0.4131	-0.2915	-0.1375	-0.4296	0.5188	1.0538	0.3565	0.309	-0.9318	0.4681	-0.1341	-0.0447	0.4985	0.0676	0.6488	-20.9986	-504.0242	-8.1897
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11	4.5252	3.9466	-1.0202	4.0837	-0.5789	0.6182	-0.0909	0.09	0.0288	-0.1824	0.0895	0.2123	0.0676	-0.1093	0.0013	0.147	0.0972	-0.1471	0.2362	-0.0852	0.1617	48.5179	-501.708	46.5464
12	0.3039	-1.0423	0.5397	5.3121	-2.6183	1.4427	-0.0943	-0.118	-0.0417	0.0862	0.08	-0.0966	-0.0386	0.0363	0.0143	0.1889	0.1595	-0.0726	0.2152	-0.0073	0.1373	82.4833	-493.9519	86.2659
13	0.6903	0.8436	-0.4584	3.8628	-3.7015	4.212	-0.0399	-0.0245	-0.1109	-0.1013	-0.0458	-0.0452	0.2405	0.1384	0.0857	0.1582	0.1419	-0.0825	0.1353	-0.1104	0.2223	86.0457	-509.0694	76.5679
14	1.3889	-0.4732	-2.5041	0.2527	0.9693	5.2171	0.0282	0.0761	0.0888	0.0501	-0.0549	0.0805	-0.0648	-0.171	0.0267	0.1551	0.1165	-0.002	0.1869	-0.1191	0.1916	46.2975	-475.1233	68.8783
15	4.3907	0.5894	-3.9082	0.8124	-1.1267	4.2417	0.0797	-0.2256	0.1494	0.0556	-0.0516	0.0297	-0.014	0.1036	-0.028	0.2216	0.0878	-0.0889	0.1604	-0.1451	0.1325	56.0044	-471.5089	83.9423
16	29.132	38.6059	18.782	53.4167	26.2478	15.0477	0.4049	-0.3941	-0.486	-0.2837	-0.5	-0.4955	-0.3908	0.3831	0.095	0.4582	-0.0009	-0.0857	0.5739	0.0548	0.5523	34.5203	-521.3376	65.4142
17	50.8013	-25.2678	-37.0187	14.7531	18.3816	28.2375	-0.5019	0.0917	0.7577	-0.3483	0.4666	-0.5146	0.468	-0.222	0.0353	0.6097	-0.0237	0.0186	0.5209	-0.1199	0.4912	36.0548	-490.2069	97.622
18	14.1568	-17.1375	24.0899	27.1077	-35.8495	51.3426	0.4481	0.6163	0.3435	0.4644	0.1537	0.753	-0.5327	1.0341	-0.6018	0.5174	0.0734	0.0258	0.5233	0.047	0.6145	66.9849	-522.7777	96.3206

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	52 - 237
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	52 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	52 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	52 - 237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	52 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	52 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	21 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	21 - 51
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	21 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	52 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	52 - 237
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	52 - 237
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	52 - 237
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	52 - 237
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	52 - 237
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	21 - 51
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	21 - 51
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	21 - 51

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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