PDB-3m8u: Crystal structure of glutathione-binding protein A (GbpA) from Ha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m8u

タイトル

Crystal structure of glutathione-binding protein A (GbpA) from Haemophilus parasuis SH0165 in complex with glutathione disulfide (GSSG)

要素

Heme-binding protein A

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Glutathione binding protein / ABC-type transport system / periplasmic component

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus parasuis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Vergauwen, B. / Elegheert, J. / Dansercoer, A. / Devreese, B. / Savvides, S.N.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Glutathione import in Haemophilus influenzae Rd is primed by the periplasmic heme-binding protein HbpA
著者: Vergauwen, B. / Elegheert, J. / Dansercoer, A. / Devreese, B. / Savvides, S.N.

履歴

登録	2010年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m8u.cif.gz	317.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m8u.ent.gz	259.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m8u_validation.pdf.gz	778.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m8u_full_validation.pdf.gz	780 KB	表示
XML形式データ	3m8u_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	3m8u_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dppS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lzs-1 4qfo-1 4qfl-2 6tfx-2 6lzs-3 6lzs-4 1reo-d 1tdn-d 1rkm-d 4ze8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heme-binding protein A

ヘテロ分子

59.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.520, 68.470, 142.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heme-binding protein A 分子量: 58651.824 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-531 / 変異: P145S, D156M, V210L, F223L, L281H, N351S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus parasuis (バクテリア) 株: serovar 5 (SH0165) / 遺伝子: HAPS_1202, hbpA / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8F653
#2: 化合物	ChemComp-GDS / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / 酸化型グルタチオン分子量: 612.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂N₆O₁₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate pH 5.0, 15% w/v PEG 4000 or 4% tacsimate pH4.0, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9714 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日
放射	モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9714 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 48827 / Num. obs: 48793 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.29 % / B_iso Wilson estimate: 16.69 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 7.07 % / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / Num. unique all: 3554 / R_sym value: 0.602 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_340)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DPP

1dpp

解像度: 1.85→38.995 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 15.89 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1883	2440	5 %	RANDOM
R_work	0.1583	-	-	-
all	0.1598	48827	-	-
obs	0.1598	48787	99.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.664 Å² / k_sol: 0.414 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.043 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.399 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.442 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4026	0	61	594	4681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4282
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	5820
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.995	1634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	617
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8498-1.8875	0.2401	139	0.1988	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8875-1.9285	0.2411	142	0.1915	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9285-1.9734	0.2057	142	0.18	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9734-2.0228	0.211	141	0.176	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0228-2.0774	0.1889	143	0.165	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0774-2.1386	0.2249	142	0.1555	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1386-2.2076	0.2001	141	0.158	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2076-2.2865	0.1714	143	0.1544	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2865-2.378	0.1735	142	0.1557	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.378-2.4862	0.2044	143	0.1547	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4862-2.6173	0.1723	142	0.1541	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6173-2.7812	0.221	144	0.1524	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7812-2.9959	0.1723	144	0.1503	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9959-3.2972	0.1779	144	0.1514	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2972-3.774	0.1797	145	0.1404	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.774-4.7535	0.1514	148	0.1253	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7535-39.0034	0.188	155	0.1872	2928	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4196	-0.4553	0.0767	0.7253	0.504	0.5468	0.0557	-0.0841	0.1529	0.0066	-0.0306	-0.0103	0.0539	-0.0315	-0.0223	0.1145	0.0066	0.0326	0.0908	-0.0112	0.0963	16.7076	5.956	-21.5859
2	0.3623	0.1933	-0.205	0.3677	-0.1394	0.1749	-0.0268	0.0602	0.0115	-0.1252	0.0277	-0.009	0.06	-0.0376	0.0028	0.0936	-0.0003	-0.0017	0.0605	-0.0036	0.049	17.5468	-16.7531	-32.4218
3	0.0709	0.0751	-0.1234	0.437	-0.0872	0.2291	-0.073	0.024	-0.0293	-0.1692	0.013	-0.0331	0.1287	-0.0735	0.033	0.1611	-0.0256	0.0032	0.0775	-0.0232	0.069	14.898	-26.9476	-34.07
4	0.2783	0.1323	-0.1208	0.3626	0.0689	0.1121	0.0427	-0.0277	0.0393	-0.0331	-0.0158	-0.0116	-0.0211	0.0515	-0.0239	0.0695	-0.0096	0.0107	0.0661	0.0007	0.0591	22.4209	-5.1304	-22.0433
5	0.1246	-0.0086	-0.1949	0.3911	-0.1238	0.4436	0.0696	-0.0525	0.0156	-0.0422	-0.0464	0.0529	-0.0327	0.0485	-0.0207	0.0593	-0.0066	0.008	0.0606	-0.0164	0.0725	11.0005	-17.959	-5.6636
6	0.3275	-0.0286	0.0507	0.7848	-0.6079	0.4714	-0.0074	-0.131	-0.0285	-0.0979	0.0585	-0.0214	0.0652	-0.0387	-0.0262	0.0558	0.0027	0.0225	0.0568	0.0069	0.0476	9.5412	-30.5807	2.3875
7	0.4628	-0.2612	0.7685	0.2257	-0.5892	2.343	-0.0327	-0.1286	-0.0977	0.0194	0.014	0.0304	-0.0626	-0.1844	0.0033	0.0985	-0.0081	-0.0028	0.1214	0.0238	0.1102	1.3073	-31.9052	-3.3173
8	0.2366	-0.143	0.057	0.3248	0.103	0.0912	0.0001	-0.0848	0.019	0.0354	-0.0132	-0.0761	0.0588	0.1132	0.0208	0.0627	0.0246	-0.001	0.098	0.0243	0.06	20.9683	-31.1107	1.6571
9	0.3262	0.0685	-0.1778	0.016	-0.0762	0.489	-0.0241	0.0086	-0.0395	-0.0163	-0.0035	0.0427	0.1025	-0.0411	0.017	0.0632	-0.0118	-0.0089	0.0497	-0.0174	0.0661	8.1379	-27.1573	-15.453
10	0.4615	0.4051	0.2288	0.3621	0.2046	0.1172	0.0479	0.0625	-0.2857	0.1051	-0.0045	0.091	0.0466	0.0027	-0.0425	0.2109	0.0451	0.0299	0.0708	-0.0347	0.2841	9.0048	7.8226	-20.3726

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 24:27)	A	24 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 28:132)	A	28 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 133:182)	A	133 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 183:270)	A	183 - 270
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 271:299)	A	271 - 299
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 300:331)	A	300 - 331
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 332:355)	A	332 - 355
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 356:421)	A	356 - 421
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 422:527)	A	422 - 527
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 528:531)	A	528 - 531

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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