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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m8m | |||||||||
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タイトル | 1.05 A Structure of Manganese-free Manganese Peroxidase | |||||||||
要素 | Manganese peroxidase 1 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Peroxidase / heme / Mn(II)-binding site / Ca(II)-binding site / glycosylation / high resolution / Calcium / Disulfide bond / Glycoprotein / Hydrogen peroxide / Iron / Lignin degradation / Manganese / Metal-binding / Secreted | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 manganese peroxidase / manganese peroxidase activity / lignin catabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Phanerochaete chrysosporium (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Sundaramoorthy, M. / Gold, M.H. / Poulos, T.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2010 タイトル: Ultrahigh (0.93A) resolution structure of manganese peroxidase from Phanerochaete chrysosporium: implications for the catalytic mechanism. 著者: Sundaramoorthy, M. / Gold, M.H. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: High-resolution crystal structure of manganese peroxidase: substrate and inhibitor complexes. 著者: Sundaramoorthy, M. / Youngs, H.L. / Gold, M.H. / Poulos, T.L. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: The crystal structure of manganese peroxidase from Phanerochaete chrysosporium at 2.06-A resolution. 著者: Sundaramoorthy, M. / Kishi, K. / Gold, M.H. / Poulos, T.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m8m.cif.gz | 174.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m8m.ent.gz | 136.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3m8m_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3m8m_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3m8m_validation.xml.gz | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3m8m_validation.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37482.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 参照: UniProt: Q02567, manganese peroxidase |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-MAN / |
-非ポリマー , 4種, 566分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-HEM / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月10日 / 詳細: Monochromator |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→160 Å / Num. obs: 161090 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.08 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 79.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.05→8 Å / Num. parameters: 30135 / Num. restraintsaints: 36425 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.52 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.023
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.89 Å2 / Biso mean: 13.167 Å2 / Biso min: 4.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→8 Å
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拘束条件 |
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