PDB-3m8k: Protein structure of type III plasmid segregation TubZ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m8k

タイトル

Protein structure of type III plasmid segregation TubZ

要素

FtsZ/tubulin-related protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / tubulin-like protein / plasmid segregation / GTP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmid partitioning / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schumacher, M.A. / Ni, L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: From the Cover: Plasmid protein TubR uses a distinct mode of HTH-DNA binding and recruits the prokaryotic tubulin homolog TubZ to effect DNA partition.
著者: Ni, L. / Xu, W. / Kumaraswami, M. / Schumacher, M.A.

履歴

登録	2010年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m8k.cif.gz	159.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m8k.ent.gz	129.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m8k_validation.pdf.gz	422.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m8k_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	3m8k_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	3m8k_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m89C 3m8eC 3m8fC 3m9aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xka-5 3m89-d 3wzv-d 3snx-1 6lvs-6 6lvs-3 2nol-d 1ebm-d 5xls-d 1m3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FtsZ/tubulin-related protein

48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.601, 131.601, 76.116
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	FtsZ/tubulin-related protein 分子量: 48609.066 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-428 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 株: serovar israelensis / 遺伝子: pBt156 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3) / 参照: UniProt: Q8KNP3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 4 M NaFormate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97963,1.01995,0.97974

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)

放射

モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97963	1
2	1.01995	1
3	0.97974	1

反射

解像度: 2.3→65.79 Å / Num. all: 21805 / Num. obs: 21740 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.4

反射シェル

解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→65.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 13.341 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25077	1111	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21363	-	-	-
obs	0.21542	20625	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.279 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.51 Å²	-1.25 Å²	0 Å²
2-	-	-2.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→65.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3116	0	0	87	3203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.264	1.953	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.956	5	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.249	25.092	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.455	15	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.268	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.568	1.5	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.946	2	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.176	3	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.825	4.5	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	93	-
R_work	0.249	1491	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1744	6.7607	3.449	15.7303	0.0837	15.0905	-0.2169	0.6682	0.4015	-1.1085	0.0613	0.8002	-0.1735	0.026	0.1556	-0.1348	0.0722	0.0426	-0.1515	0.0599	0.0684	32.1627	64.6543	37.2051
2	3.154	-0.8037	0.0313	3.0365	-0.3111	1.1552	-0.066	-0.7352	0.0439	0.5384	0.0698	0.3446	-0.1399	-0.2245	-0.0037	-0.1075	0.0402	0.0866	-0.0265	-0.0491	-0.0914	42.9058	50.5803	58.5937
3	3.2156	-0.6833	0.6706	4.3073	2.5348	4.0313	-0.1231	-0.2973	0.2568	0.2292	0.0246	0.337	0.1399	-0.0886	0.0985	-0.2201	0.0467	0.0515	-0.2171	0.015	0.001	40.0779	60.3608	44.9391
4	1.5336	-0.3352	0.5412	2.4739	-0.9669	2.5532	-0.0569	0.3319	0.2246	-0.5438	-0.0179	-0.061	0.0507	-0.0248	0.0747	-0.1437	-0.012	0.009	-0.1945	0.0053	-0.075	49.4689	56.6566	32.5441
5	4.7591	2.8514	5.7351	12.3573	8.4373	13.3446	-0.1525	-0.4111	0.9053	0.4776	-0.0131	0.0456	-0.6441	0.3033	0.1655	-0.0826	0.014	0.0442	-0.0821	-0.1461	0.0064	65.6355	61.789	58.2392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	236 - 257
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	267 - 377
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	381 - 400

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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