PDB-3m8f: Protein structure of type III plasmid segregation TubR mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m8f

タイトル

Protein structure of type III plasmid segregation TubR mutant

要素

Putative DNA-binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / TubR / winged helix-turn-helix / plasmid segregation

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmid partitioning / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Schumacher, M.A. / Ni, L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: From the Cover: Plasmid protein TubR uses a distinct mode of HTH-DNA binding and recruits the prokaryotic tubulin homolog TubZ to effect DNA partition.
著者: Ni, L. / Xu, W. / Kumaraswami, M. / Schumacher, M.A.

履歴

登録	2010年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月6日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m8f.cif.gz	92.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m8f.ent.gz	71.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m89C 3m8eSC 3m8kC 3m9aC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xtg-d 5x7k-1 3kwr-d 4gqp-d 7acs-d 3v5m-d 1fjr-1 2pzx-1 4las-d 4htu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative DNA-binding protein

B: Putative DNA-binding protein

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.400, 79.518, 32.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative DNA-binding protein 分子量: 14109.039 Da / 分子数: 2 / 断片: TubR / 変異: S63W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 株: serovar israelensis / 遺伝子: pBt157 / プラスミド: pET15b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3) / 参照: UniProt: Q8KNP2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative DNA-binding protein

分子量: 14109.039 Da / 分子数: 2 / 断片: TubR / 変異: S63W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus thuringiensis (バクテリア)
株: serovar israelensis / 遺伝子: pBt157 / プラスミド: pET15b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3) / 参照: UniProt: Q8KNP2

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8000, 100 mM HEPES pH 7.5, 8% ethylene glycol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→39.75 Å / Num. all: 6408 / Num. obs: 5671 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3M8E

3m8e

解像度: 2.8→31.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 41.933 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2661	274	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20393	-	-	-
obs	0.20696	5393	88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.684 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→31.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1551	0	0	7	1558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.94	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.71	5	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.065	25.128	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.864	15	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.019	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.314	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.392	1.5	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.765	2	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.07	3	669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.838	4.5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.445	17	-
R_work	0.383	394	-
obs	-	-	86.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7929	0.1094	1.3326	9.1355	1.6186	3.8281	0.0919	0.003	0.2475	-0.2151	0.2779	-0.4753	-1.0143	0.4931	-0.3698	0.5867	-0.1089	0.0689	0.6523	-0.0779	0.3658	18.338	21.824	6.121
2	6.5409	-1.8071	-0.5127	8.4552	-0.6365	7.4661	-0.3599	-0.1536	-0.3568	0.1797	0.2167	0.0558	0.897	0.3734	0.1432	0.3734	0.059	0.0375	0.4792	-0.0501	0.2932	17.611	1.788	6.249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 102

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)