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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m8f | ||||||
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Title | Protein structure of type III plasmid segregation TubR mutant | ||||||
![]() | Putative DNA-binding protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / TubR / winged helix-turn-helix / plasmid segregation | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schumacher, M.A. / Ni, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: From the Cover: Plasmid protein TubR uses a distinct mode of HTH-DNA binding and recruits the prokaryotic tubulin homolog TubZ to effect DNA partition. Authors: Ni, L. / Xu, W. / Kumaraswami, M. / Schumacher, M.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 92.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 71.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3m89C ![]() 3m8eSC ![]() 3m8kC ![]() 3m9aC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14109.039 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: TubR / Mutation: S63W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10% PEG 8000, 100 mM HEPES pH 7.5, 8% ethylene glycol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 15, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→39.75 Å / Num. all: 6408 / Num. obs: 5671 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 22.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 86.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3M8E Resolution: 2.8→31.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 41.933 / SU ML: 0.348 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.425 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.684 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→31.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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