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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m89 | ||||||
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タイトル | Structure of TubZ-GTP-g-S | ||||||
![]() | FtsZ/tubulin-related protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / partition / tubulin / FtsZ / TubZ / GTP-binding / nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasmid partitioning / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ni, L. / Xu, W. / Schumacher, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: From the Cover: Plasmid protein TubR uses a distinct mode of HTH-DNA binding and recruits the prokaryotic tubulin homolog TubZ to effect DNA partition. 著者: Ni, L. / Xu, W. / Kumaraswami, M. / Schumacher, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 779.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 790.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48333.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: subsp. israelensis / 遺伝子: B. Thuringeneisis, pBt156 / Organelle: pBtoxis / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GSP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50% sodium formate, plus addition of GTP-g-S, MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→65.7 Å / Num. all: 33000 / Num. obs: 29633 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2900 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 60 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3M8K 解像度: 2→65.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2882367.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.0531 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→65.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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