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万見
- PDB-3m6y: Structure of 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase from bacillus cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m6y
タイトルStructure of 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase from bacillus cereus at 1.45 a resolution.
要素4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
キーワードLYASE / STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / KDGP aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, F.W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of 4-Hydroxy-2-Oxoglutarate Aldolase from Bacillus Cereus at 1.45 A Resolution.
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2010年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年11月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
B: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
C: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
D: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,22114
ポリマ－119,8484
非ポリマー37310
水21,7081205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
D: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
ヘテロ分子

B: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
C: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,22114
ポリマ－119,8484
非ポリマー37310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y+1/2,-z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area37770 Å2
手法PISA
3
A: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
D: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1117
ポリマ－59,9242
非ポリマー1875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
4
B: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
C: 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1117
ポリマ－59,9242
非ポリマー1875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.679, 106.187, 88.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量: 29962.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: 29898472, BC_4844 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Magic / 参照: UniProt: Q812M4, 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.33 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M CaCl, 0.1 M HEPES, 30% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.987872
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→88.05 Å / Num. all: 157910 / Num. obs: 157910 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 17.015
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→88.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.129 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 7916 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.153 157812 99.73 %-
all-157812 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0.04 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.152 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→88.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7551 0 10 1205 8766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227745
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.96410511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.009312623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80551015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97525.488328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.849151340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5021532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9521.54980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2561.52052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67628015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73232765
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6424.52487
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 591 -
Rwork0.241 10843 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20150.00030.04290.26610.07560.0324-0.0025-0.00280.00380.0292-0.00310.02940.00710.00580.00560.0206-0.00430.00410.03310.00320.051151.383320.6172-2.2457
20.14980.04780.01290.15850.1770.21680.0135-0.0004-0.00470.006-0.01590.00820.0024-0.0010.00240.030.00180.00260.0437-0.00120.031530.4612-2.505522.9425
30.18990.13940.04880.32790.31120.47860.01620.0165-0.02970.0492-0.015-0.0268-0.0482-0.0275-0.00110.0833-0.009-0.01330.02040.00440.008249.73122.351743.4048
40.1135-0.19620.03630.40390.05020.25650.04290.0128-0.0008-0.0763-0.0470.01220.029-0.00640.00410.04170.0156-0.00140.0303-0.00060.046170.4366-6.6648-19.8971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 251
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 251
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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