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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m6h | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Post-isomerized Ertapenem Covalent Adduct with TB B-lactamase | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | Hydrolase/Antibiotic / alpha-beta structure / Antibiotic resistance / Cell membrane / Hydrolase / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Hydrolase-Antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.994 Å | ||||||
データ登録者 | Tremblay, L.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Biochemical and structural characterization of Mycobacterium tuberculosis beta-lactamase with the carbapenems ertapenem and doripenem. 著者: Tremblay, L.W. / Fan, F. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m6h.cif.gz | 68.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m6h.ent.gz | 48.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3m6h_validation.pdf.gz | 740 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3m6h_full_validation.pdf.gz | 740 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3m6h_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3m6h_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28272.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaA, blaC, Rv2068c, MT2128, MTCY49.07c / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2RG / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 0.1 M HEPES, 2 M NH4(H2)PO4, pH 4.1, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月8日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.994→50 Å / Num. all: 18010 / Num. obs: 17920 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Χ2: 1.932 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.994→2.07 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1762 / Χ2: 1.788 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3DWZ 解像度: 1.994→30.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.356 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 31.21 Å2 / Biso mean: 6.842 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.994→30.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.994→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
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