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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m6f
タイトルCD11A I-domain complexed with 6-((5S,9R)-9-(4-CYANOPHENYL)-3-(3,5-DICHLOROPHENYL)-1-METHYL-2,4-DIOXO-1,3,7- TRIAZASPIRO[4.4]NON-7-YL)NICOTINIC ACID
要素Integrin alpha-L
キーワードCELL ADHESION / LFA1 / INHIBITOR / Alternative splicing / Calcium / Disulfide bond / Glycoprotein / Integrin / Magnesium / Membrane / Polymorphism / Receptor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. ...Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BJZ / NITRATE ION / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Small molecule antagonist of leukocyte function associated antigen-1 (LFA-1): structure-activity relationships leading to the identification of 6-((5S,9R)-9-(4-cyanophenyl)-3-(3,5- ...タイトル: Small molecule antagonist of leukocyte function associated antigen-1 (LFA-1): structure-activity relationships leading to the identification of 6-((5S,9R)-9-(4-cyanophenyl)-3-(3,5-dichlorophenyl)-1-methyl-2,4-dioxo-1,3,7-triazaspiro[4.4]nonan-7-yl)nicotinic acid (BMS-688521).
著者: Watterson, S.H. / Xiao, Z. / Dodd, D.S. / Tortolani, D.R. / Vaccaro, W. / Potin, D. / Launay, M. / Stetsko, D.K. / Skala, S. / Davis, P.M. / Lee, D. / Yang, X. / McIntyre, K.W. / Balimane, P. ...著者: Watterson, S.H. / Xiao, Z. / Dodd, D.S. / Tortolani, D.R. / Vaccaro, W. / Potin, D. / Launay, M. / Stetsko, D.K. / Skala, S. / Davis, P.M. / Lee, D. / Yang, X. / McIntyre, K.W. / Balimane, P. / Patel, K. / Yang, Z. / Marathe, P. / Kadiyala, P. / Tebben, A.J. / Sheriff, S. / Chang, C.Y. / Ziemba, T. / Zhang, H. / Chen, B.C. / DelMonte, A.J. / Aranibar, N. / McKinnon, M. / Barrish, J.C. / Suchard, S.J. / Murali Dhar, T.G.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Discovery and Development of 5-[(5S,9R)-9-(4-Cyanophenyl)-3-(3,5-dichlorophenyl)-1-methyl-2,4-dioxo-1,3,7-triazaspiro [4.4]non-7-yl]methyl]-3-thiophenecarboxylicacid (BMS-587101) -- ...タイトル: Discovery and Development of 5-[(5S,9R)-9-(4-Cyanophenyl)-3-(3,5-dichlorophenyl)-1-methyl-2,4-dioxo-1,3,7-triazaspiro [4.4]non-7-yl]methyl]-3-thiophenecarboxylicacid (BMS-587101) -- Small Molecule Antagonist of LFA-1
著者: Potin, D. / Launay, M. / Monatlik, F. / Malabre, P. / Fabreguettes, M. / Fouquet, A. / Maillet, M. / Nicolai, E. / Dorgeret, L. / Chevallier, F. / Besse, D. / Dufort, M. / Caussade, F. / ...著者: Potin, D. / Launay, M. / Monatlik, F. / Malabre, P. / Fabreguettes, M. / Fouquet, A. / Maillet, M. / Nicolai, E. / Dorgeret, L. / Chevallier, F. / Besse, D. / Dufort, M. / Caussade, F. / Ahmad, S.Z. / Stetsko, D.K. / Skala, S. / Davis, P.M. / Balimane, P. / Patel, K. / Yang, Z. / Marathe, P. / Postelneck, J. / Townsend, R.M. / Sheriff, S. / Einspahr, H. / Kish, K. / Malley, M.F. / Gougoutas, J.Z. / Kadiyala, P. / Cheney, D.L. / Tejwani, R.W. / Murphy, D.K. / Mcintyre, K.W. / Yang, X. / Chao, S. / Leith, L. / Xiao, Z. / Mathur, A. / Chen, B.-C. / Wu, D.-R. / Traeger, S.C. / McKinnon, M. / Barrish, J.C. / Robl, J.A. / Iwanowicz, E.J. / Suchard, S.J. / Dhar, T.G.M.
履歴
登録2010年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5343
ポリマ－20,9361
非ポリマー5982
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.600, 63.600, 63.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-L / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule ...Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule 1 alpha chain / CD11 antigen-like family member A


分子量: 20935.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 154-332 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REFOLDED FROM UREA MOL_ID: 2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAL, CD11A / プラスミド: PET11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20701
#2: 化合物 ChemComp-BJZ / 6-[(5S,9R)-9-(4-cyanophenyl)-3-(3,5-dichlorophenyl)-1-methyl-2,4-dioxo-1,3,7-triazaspiro[4.4]non-7-yl]pyridine-3-carboxylic acid


分子量: 536.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H19Cl2N5O4
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.78 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 13552 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX2005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LFA

1lfa


解像度: 1.85→28.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Data cutoff high absF: 1179626 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 685 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 13520 93.1 %-
all-13520 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.915 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 46.07 Å2 / Biso mean: 17.851 Å2 / Biso min: 7.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2--2.02 Å20 Å2
3----1.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1451 0 41 101 1593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.712.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 69 4.9 %
Rwork0.214 1339 -
all-1408 -
obs--78.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMCOMBINED.TOP
X-RAY DIFFRACTION5BJZ.PARBJZ.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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